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Ce petit estuaire, situé à mi-chemin entre l'estuaire de la Seine (à l’est) et la baie des Veys (à l’ouest) présente, avec la basse-vallée de l'Orne, un réel intérêt écologique. Il offre en effet une grande diversité de milieux : estran sableux avec dunes hydrauliques, bancs de sable, estuaire stricto sensu, slikke et schorre montrant la succession typique des communautés de plantes halophiles, prairies humides, roselières, espaces dunaires allant des dunes embryonnaires jusqu'aux dunes boisées, pelouses calcicoles ponctuelles,...
Sur le plan de la transition entre milieux estuarien et marin, une succession d’habitats variés sont aussi présents sur cette Znieff : des moulières en milieu polyhalin, les vases estuariennes du chenal de l’Orne, les vases à scrobiculaires, les sables à talitres, les sables envasés à Hediste diversicolor, Macoma balthica et Eteone longa, les sables à Lanice conchilega et Corophium volutator et les sables intertidaux à polychètes.
Cet ensemble, sous climat maritime, offre des conditions propices pour une flore et une faune riches et diversifiées, se déclinant en pas moins de six Znieff de type I aux caractéristiques variées.
Une mention particulière à l'intérêt ornithologique de ce site, le plus riche et diversifié du département du Calvados : une grande partie de cette Znieff est désignée depuis 1990 en ZPS ("Estuaire de l'Orne", référence FR2510059) au titre du dispositif Natura 2000.
FLORE
Du fait de la diversité des milieux, on rencontre sur ce site bon nombre d'espèces remarquables et/ou protégées au niveau national (**) ou régional (*) telles l'Elyme des sables (Leymus arenarius**), la Clématite flamme (Clematis flammula*), l'Argousier (Hippophae rhamnoides), la Jusquiame noire (Hyoscyamus niger) et la Pyrole à feuilles rondes (Pyrola rotundifolia var. arenaria**) dans les dunes. Le Polypogon de Montpellier (Polypogon monspeliensis*) est omniprésent sur le site.
Signalons également le recensement du Vulpin bulbeux (Alopecurus bulbosus*) au niveau des prairies humides et du Cératophylle submergé (Ceratophyllum submersum*) dans les eaux.
Citons aussi la présence de la Lentille d'eau sans racine (Wolffia arrhiza), l'Atropis fasciculé (Puccinellia fasciculata), l'Arroche littorale (Atriples littoralis*) et le Chou marin (Crambe maritima**).
Certaines espèces rares et/ou protégées n'ont toutefois pas été revues récemment comme le Brome des toits (Bromus tectorum*), la Seslérie bleue (Sesleria caerulea*), le Buplèvre en faux (Bupleurum falcatum*), le Centranthe (Centranthus calcitrapae) ou encore le Trèfle renversé (Trifolium resupinatum).
Parmi les bryophytes, citons Rhynchostegium megapolitanum correspondant à une mousse rare.
Enfin, la flore mycologique bien étudiée ici, comporte plusieurs raretés, dont le Géastre à trois enveloppes (Geaster triplex), le Tulostome des brumes (Tulostoma brumale) et Tulostoma fimbriatum, le Lentin de Schaeffer (Neolentinus schaefferi), et Lenzites warnieri, pour lequel ce site constitue la seule station actuellement connue de Basse-Normandie.
FAUNE
On note une très riche faune d'invertébrés des dunes, de l'estran sableux et des vasières (voir descriptif des Znieff de type I incluses dans la présente znieff), et une abondance des poissons benthiques des milieux estuariens. Cette zone constitue en outre une zone de passage obligé pour les poissons migrateurs remontant frayer dans le bassin de l'Orne.
En matière d'Amphibiens, les quelques mares parsemant cette zone accueillent notamment le rare Triton crêté (Triturus cristatus) ; et en Reptiles, la Vipère Péliade (Vipera berus) a également été observée sur un secteur précis.
Mais ce site est surtout d'un très grand intérêt ornithologique.
Il tient un rôle de relais important dans les migrations et l'hivernage d'anatidés, laridés et limicoles, ainsi que pour la nidification de plusieurs espèces d'intérêt patrimonial.
En matière de reproduction, on retiendra, en espèces liées aux milieux aquatiques, l'Avocette élégante (Recuvirostra avosetta), le Tadorne de Belon (Tadorna tadorna), l'Huîtrier-pie (Haematopus ostralegus), et surtout le Gravelot à collier interrompu (Charadrius alexandrinus) avec des effectifs fluctuants mais très significatifs. Noter que ces espèces sont également présentes en hiver et en périodes migratoires, exceptée l'Avocette absente l'hiver. Et en passereaux, on retiendra le Rossignol philomèle (Luscinia megarhynchos), avec une cinquantaine de couples nicheurs chaque année.
De nombreuses autres espèces sont observées aussi bien en périodes migratoires qu'en hiver : la Bernache cravant (Branta bernicla) et le Canard siffleur (Anas penelope), à raison de plusieurs milliers d’individus en migration ; le Canard souchet (Anas clypeata) et le Grand gravelot (Charadrius hiaticula), avec plusieurs centaines d’individus en migration ; le Courlis cendré (Numenius arquata) à raison de plusieurs centaines d’individus en hivernage ; la Sarcelle d’hiver (Anas crecca) avec plusieurs centaines d’individus tant en hivernage qu’en migration ; le Grand cormoran (Phalacrocorax carbo) en effectifs importants également. A celles-ci s'ajoutent maintes autres espèces à effectifs plus modestes, dont nous retiendrons les plus intéressantes uniquement : Grèbes huppé (Podiceps cristatus), esclavon (P. auritus) et à cou noir (P. nigricollis) ; Aigrette garzette (Egretta garzetta), avec un dortoir d’une quarantaine d’individus dans le bois de Merville ; Spatule blanche (Platalea leucorodia) ; Canard chipeau (Anas strepera) ; Canard pilet (Anas acuta) ; Eider à duvet (Somateria mollissima) ; Harle huppé (Mergus serrator) ; Bécasseau maubèche (Calidris canutus) ; Bécassine sourde (Lymnocryptes minimus) ; Bécassine des marais (Gallinago gallinago) ; Barges à queue noire (Limosa limosa) et rousse (L. lapponica) ; Courlis corlieu (Numenius phaeopus) ; Chevalier gambette (Tringa totanus) ; et plusieurs espèces de Sternes, notamment la caugek (Sterna sandvicensis) -la plus abondante- et la pierregarin (S. hirundo), dont le passage en front de mer est important entre juillet et octobre (au minimum 25 000 individus en 2010).
Certaines espèces enfin sont présentes uniquement en hiver, telles la Bernache nonnette (Branta leucopsis) ou le Bruant des neiges (Plectrophenax nivialis), tandis que d'autres seront observées en période migratoire uniquement, à l'instar de la Guifette noire (Chlidonias niger).
Enfin noter la présence continue du Hibou moyen-duc (Asio otus), avec reproduction sur le site, et de plusieurs dizaines de couples de Rousserolle verderolle (Acrocephalus palustris) dans les anciens bassins de décantation du port de plaisance...
Sur le plan mammalogique, cet estuaire accueille régulièrement le Phoque veau-marin (Phoca vitulina).
Zone estuarienne et basse-vallée dont les différents milieux fonctionnent en étroite relation et abritent de nombreuses espèces animales et végétales protégées.
