Le marais des Mottes dessine une enclave à l'intérieur du bocage, laquelle est reliée à la Douve par un large fossé qui "traverse" cette poche humide. Il est en majorité constitué de prairies, parfois à tendance tourbeuse. Exploité de façon traditionnelle et inondé sur de longues périodes, ce marais est d'un grand intérêt aux niveaux floristique et faunistique.
FLORE
La végétation du marais est relativement homogène et comprend de nombreuses espèces d'intérêt patrimonial : le Jonc fleuri (Butomus umbellatus), le Scirpe à une écaille (Eleocharis uniglumis), l'Orchis à fleurs lâches (Orchis laxiflora), la Stellaire des marais (Stellaria palustris), très présente, la Berle à feuilles larges (Sium latifolium), le Jonc des chaisiers glauque (Scirpus tabernaemontani), la Laîche filiforme (Carex lasiocarpa).
Les nombreux fossés sont envahis par une flore mésotrophe. Citons notamment la Pesse d'eau (Hippuris vulgaris), espèce bénéficiant d'une protection au niveau régional et dont les populations sont ici étendues, la Lentille d'eau sans racine (Wolffia arrhiza), au contraire très localisée, le Flûteau fausse-Renoncule (Baldellia ranunculoides), l'Hottonie des marais (Hottonia palustris), bien représentée dans les marais du Cotentin, la Renoncule aquatique (Ranunculus aquatilis) et la Grenouillette à feuilles capillaires (R. trichophyllus)...
FAUNE
Les relevés concernant l'entomofaune ont permis de contacter des espèces à forte valeur patrimoniale telles que l'Agrion gracieux (Coenagrion pulchellum), le Conocéphale des roseaux (Conocephalus dorsalis) ou le Criquet ensanglanté (Mecostethus grossus)...
L'avifaune nicheuse de ce marais est également très riche et atteint, pour les passereaux aquatiques notamment, des densités supérieures à la moyenne enregistrée dans le plus vaste ensemble des marais du Cotentin et du Bessin.
Signalons, dans ce cas, le Phragmite des joncs (Acrocephalus schoenobaenus), la Bergeronnette printanière (Motacilla flava), le Traquet tarier (Saxicola rubetra). Pour le Vanneau huppé (Vanellus vanellus) également, la reproduction a pu être notée plus intense qu'alentour. Il faut aussi noter la présence du Courlis cendré (Numenius arquata) depuis 1997, alors qu'il était absent du site auparavant.
Notons également que d'importants stationnements de Canard pilet (Anas acuta) et de Bécasseau variable (Calidris alpina) ont déjà été observés, par exemple en fin d'hiver 1997 en raison de la submersion du site.
Le passage migratoire de la Spatule blanche (Platalea leucorodia) confère à cette espèce le statut de déterminante sur cette Znieff.
Ce site a fait l'objet d'une expérimentation de gestion hydraulique, visant notamment à prolonger le temps de submersion hivernale et à maintenir un niveau d'eau affleurant au printemps. Au vu des résultats ornithologiques obtenus, il semble que cette gestion favorise la nidification des espèces les plus aquatiques. L'un des objectifs à terme étant de permettre de nouveau la nidification du Râle des genêts (Crex crex), de la Sarcelle d'été (Anas querquedula) et du Canard souchet (Anas clypeata), qui se reproduisaient ici dans les années quatre vingt.
Habitats naturels d'intérêt patrimonial (marais) abritant des espèces animales et végétales rares.