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Barrant d'est en ouest le sud du département de la Manche avant de se jeter dans la baie du Mont Saint-Michel, la rivière de la Sée, aux affluents très courts, est d'une exceptionnelle valeur piscicole. Rivière du socle Armoricain, elle se situe dans un bassin versant allongé d'une superficie de 458 km² pour une longueur d'environ 68 km. L'ensemble de ce réseau hydrographique représente environ 419 kilomètres de cours d'eau.
La qualité des eaux faiblement minéralisées reste globalement bonne, malgré une augmentation sensible des concentrations en nitrates du fait des activités exercées sur les plateaux et de la substitution progressive de certaines prairies naturelles du lit majeur de la rivière en terres labourées.
L'importance des précipitations et du ruissellement sur les roches dures du bassin ont façonné des cours d'eau aux écoulements rapides, localement encaissés dans la vallée de Brouains, à la morphodynamique très active et aux fonds pierreux bien ouverts. Grâce aux aquifères granitiques, les débits d'étiage sont élevés. La Sée et ses principaux affluents possèdent ainsi des habitats de tout premier ordre pour les saumons, et ce d'autant que la rivière présente des écoulements naturels sur la quasi-totalité de son cours, les nombreux anciens moulins ayant presque tous été implantés en dérivation. La Sée apparaît ainsi comme une des très rares rivières françaises, et la seule en Basse-Normandie avec peut-être la Touques, à pouvoir encore exprimer totalement son potentiel naturel vis-à-vis des salmonidés migrateurs.
FAUNE
Elle constitue en effet une des toutes premières rivières de France pour le Saumon atlantique (Salmo salar) si l'on considère la productivité de la rivière, dont les cinquante kilomètres de frayères génèrent des remontées annuelles de l'ordre du millier d'adultes (après les prélèvements effectués en mer, on relève en moyenne 1,5 à 2 saumons juvéniles au mètre linéaire). La qualité satisfaisante des eaux, les fonds caillouteux diversifiés et non colmatés, puis le courant rapide sont également propices au Chabot (Cottus gobio) qui fréquente les mêmes habitats que le saumon.
Les Lamproies de rivière (Lampetra fluviatilis) et marine (Petromyzon marinus), toutes deux espèces migratrices, et la Lamproie de Planer (Lampetra planeri), espèce sédentaire, vivent également dans cette rivière avec toutefois des effectifs moindres.
Il faut aussi mentionner la truite, espèce patrimoniale dont l'état des populations témoigne directement du fonctionnement des cours d'eau et du bassin versant. La Truite fario (Salmo trutta fario) trouve plus spécialement sur le bassin de la Sée des conditions naturelles très favorables à son développement, notamment dans la complémentarité entre le réseau dense des ruisseaux affluents et le cours principal aux habitats diversifiés. La Truite de mer (Salmo trutta trutta) est aussi assez bien représentée et fréquente le bassin jusqu'à Brouains.
Enfin, une Loutre (Lutra lutra) a été observée sur la rivière en décembre 2003.
Parmi les Odonates, les inventaires menés sur la Sée ont permis de confirmer la présence des très rares Aeschne paisible (Boyeria irene), Gomphus très commun (Gomphus vulgatissimus) et Cordulie à corps fin) Oxygastra curtisi, cette dernière figurant sur l'annexe II de la Directive "Habitats-faune-flore".
Ensemble composé d'une "rivière-mère" et de ses principaux affluents-frayères renfermant une importante population migratrice de salmonidés et de lamproies.
