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Dans la partie centrale de l’Auxois, le plateau de calcaires durs de Saffres domine les falaises boisées qui surplombent la vallée bocagère de la Brenne.
Il s'agit d'un site d'intérêt régional pour sa faune et sa flore inféodées aux milieux rupicoles et forestiers.
Les rebords de plateau sont occupés en partie par des pelouses sèches. Les falaises orientées au sud présentent en particulier des dalles affleurantes, supports d'une végétation à cycle rapide, qui seule peut survivre à ces conditions de sécheresse très marquées (de l'alliance végétale de l'Alysso-Sedion). L’Orpin à six angles (Sedum sexangulare), plante déterminante pour l’inventaire ZNIEFF typique de ces milieux secs, y a été noté.
Le massif forestier de plateau et des pentes au sud de Saffres abrite des habitats naturels remarquables, dont :
- forêts de ravins à charmes, frênes et érables,
- forêts sèches à Sesleria,
- tiliaies sèches,
- érablières à Scolopendre,
- hêtraies calcicoles.
Ces habitats abritent plusieurs espèces déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF telles que la Nivéole de printemps (Leucojum vernum) et la Dentaire pennée (Cardamine heptaphylla) au niveau des forêts de ravin et des fonds de combe, ou l’Orme de montagne (Ulmus glabra). L’Isopyre faux-pygamon (Isopyrum thalictroides = Thalictrella thalictroides), espèce végétale rarissime en Bourgogne et typique des forêts fraîches de fond de vallon, a également été observé.
Les falaises de Saffres constituent un attrait pour la faune en offrant notamment un habitat pour la nidification d’espèces rupicoles telles que le Faucon pèlerin (Falco peregrinus). Ce rapace diurne, déterminant pour l’inventaire ZNIEFF, est un nicheur rare en Côte d’Or.
La forte fréquentation des falaises entraîne un surpiétinement et une rudéralisation de certaines zones en pied et sommet de falaise. La préservation de ce patrimoine naturel dépend donc notamment de la conservation des habitats de pelouse, ainsi que de la tranquillité du site vis-à-vis des activités humaines. La surfréquentation des falaises (notamment par l'escalade) est susceptible de compromettre le succès de reproduction du Faucon pélerin.
Le périmètre est délimité par les falaises bordant le plateau calcaire et formant un large cirque qui enserre Saffres à l'est. Une partie de la forêt domaniale de Boulas et Charmot qui occupe la bordure du plateau au sud de Saffres a également été englobée.
