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Au sein des plateaux du Tonnerrois, le territoire est composé d’une portion de la vallée de l’Armançon et d’un vaste secteur de plateaux calcaires d’âge jurassique supérieur et moyen. Les massifs forestiers feuillus dominent avec des cultures entre eux. Si les prairies se cantonnent dans les fonds de vallées, des pelouses sèches et des fruticées sont présentes sur les coteaux. Les abords de l’Armançon sont riches en milieux remarquables pour l’Yonne avec notamment :
- le marais de Baon, l'un des rares marais alcalins de l’Yonne,
- le côteau de Cry avec ses éboulis calcaires.
Ce site est d’intérêt régional pour ses habitats variés (pelouses sèches, boisements, étangs et vallées inondables) et les espèces de faune et de flore qui y évoluent.
1) Différents milieux secs caractérisent les coteaux calcaires, notamment :
- de la végétation des fentes de rochers calcaires, d’intérêt européen,
- de la végétation des éboulis calcaires, très bien structurée sur ce site, d’intérêt européen,
- des pelouses pionnières sur dalles calcaires, d’intérêt européen,
- des pelouses sèches, d'intérêt européen,
- des pelouses très sèches, d'intérêt européen,
- des ourlets herbacés, d'intérêt régional.
Une grande diversité d’espèces déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF ont été répertoriées dans ces milieux avec par exemple :
- le Cuivré mauvin (Lycaena alciphron), papillon diurne des éboulis et des prairies humides, rarissime en Bourgogne et en limite nord-ouest de son aire de répartition,
- l'Ibéris intermédiaire (Iberis intermedia), plante des éboulis calcaire, rarissime en Bourgogne, inscrite au livre rouge de la flore menacée de France et protégée réglementairement,
- la Linaire des alpes (Linaria alpina), plante des éboulis calcaires, connue de deux sites en Bourgogne et protégée réglementairement,
- la Scutellaire des alpes (Scutellaria alpina), plante des éboulis calcaires, exceptionnelle en Bourgogne.
- la Couleuvre verte et jaune (Hierophis viridiflavus), reptile des milieux chauds, protégé réglementairement,
- le Faucon pèlerin (Falco peregrinus), et le Grand-duc d'Europe (Bubo bubo), deux rapace d'intérêt européen considéré comme nicheurs rares en Bourgogne et dont les sites potentiels de nidification sont limités car nécessitant à la fois des falaises dégagées, une aire inaccessible aux prédateurs carnivores et des espaces de tranquillité au moment de la reproduction.
2) Compte-tenu de l’exposition des parcelles, de la profondeur du sol et du traitement forestier appliqué, les boisements sont assez diversifiés avec :
- de la hêtraie sèche sur adrets calcaire, d’intérêt européen,
- de la hêtraie-chênaie fraîche sur calcaire, d’intérêt européen,
- de la chênaie pubescente, d'intérêt régional,
- de la chênaie-charmaie sèche sur terrains calcaires.
Diverses espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF y ont été répertoriées avec :
- le Limodore à feuilles avortées (Limodorum abortivum), orchidée rare en Bourgogne et protégée réglementairement, observée dans les boisements secs de chênes pubescents,
- le Pique-prune (Osmoderma eremita), coléoptère xylophage d’intérêt européen et menacé par la suppression des vieux arbres dans les peuplements forestiers et le bocage, observé en forêt et au sein des allées de Tanlay.
- l'Anémone fausse-renoncule (Anemone ranunculoides), plante forestière rare en Bourgogne.
3) Les fonds de vallées inondables comportent également un important panel d’habitats patrimoniaux avec :
- des ripisylves d’aulnes et de frênes, d’intérêt européen,
- des herbiers aquatiques des cours d’eau, d’intérêt européen,
- des mégaphorbiaies et des ourlets herbacés humides à hautes herbes, deux habitats d’intérêt européen,
- des prairies humides alcalines à Molinie bleue (Molinia caerulea), d’intérêt européen,
- des bas-marais alcalins, d’intérêt européen,
- des roselières inondables,
- des cariçaies,
- des saulaies marécageuses.
Les zones de marais, très localisés à l’échelle du site, accueillent diverses espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF avec :
- la Fougère des marais (Thelypteris palustris), plante des marais et des boisements humides, rarissime en Bourgogne et protégée réglementairement,
- la Laîche paradoxale (Carex appropinquata), plante des marais, exceptionnelle en Bourgogne,
- le Phragmite des joncs (Acrocephalus schoenobaenus), passereau aquatique nicheur très rare en Bourgogne.
Les cours d’eau comme l’Armançon accueillent plus spécifiquement :
- le Cincle plongeur (Cinclus cinclus), oiseau chasseur d'invertébrés aquatiques, qui se reproduit et se nourrit au niveau du cours d’eau,
- la Lamproie de Planer (Lampetra planeri), la Bouvière (Rhodeus amarus), le Toxostome (Parachondrostoma toxostoma), Loche de rivière (Cobitis taenia), et Chabot (Cottus gobio), poissons d’intérêt européen indicateurs d’une bonne qualité d’eau.
4) Enfin, diverses chauves-souris d'intérêt européen hivernent dans les carrières souterraines et les grottes naturelles, à l'image du Grand Murin (Myotis myotis). Des colonies de reproduction ont également été répertoriées; elles utilisent différents milieux alentours (prairies bocagères, bordures boisées, friches, ripisylves, bordure de marais, etc.) pour se déplacer et s’alimenter.
Ce patrimoine dépend :
- du maintien d’une agriculture et d'un élevage extensifs et respectueux des haies, des milieux prairiaux, des cours d'eau et des haies,
- d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant les milieux annexes (lisières...).
Il convient de maintenir le régime hydraulique des cours d'eau, sans seuils ni enrochement des berges et en respectant les végétations des berges.
Les pelouses et les marais sont susceptibles de se boiser et de perdre leur intérêt pour la faune et la flore des milieux ouverts. Une restauration (débroussaillage) et un entretien (pâturage, fauche) permettraient de contrecarrer cette évolution.
En outre, le patrimoine souterrain est sensible : le dérangement provoque le réveil des chauves-souris et la surconsommation de leurs réserves d'énergie, ce qui peut compromettre leur survie en période hivernale.
Le périmètre est délimité par un vaste système de plateaux calcaires forestiers et céréaliers. La limite ouest du site est marquée par la vallée de l'Armançon qui est encadrée par une succession de coteaux abruptes. Ces secteurs sont riches en habitats, en faune et en flore d’intérêt régional.
