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Reposant entièrement sur des alluvions récentes, le val de Saône est caractérisé dans le secteur de Laperrière-sur-Saône par ses prairies bocagères inondables et relictuelles, ses bras morts, ainsi que par l’île des Maillys.
Ce site présente des milieux alluviaux d'intérêt régional encore bien conservés et riches en espèces de faune et de flore remarquables.
Les bras morts de la Saône comportent différentes ceintures de végétation, allant de l'eau libre à la saulaie; s'y développent notamment :
- des prairies aquatiques à Prêle des eaux (Equisetum fluviatile) et à Faux riz (Leersia oryzoides),
- des petites roselières à Scirpe des marais (Eleocharis palustris),
- une roselière et une typhaie (ceinture externe).
Outre une grande richesse floristique, il s'agit d'un ensemble fonctionnel très important pour la reproduction de nombreuses espèces de poissons, notamment le Brochet (Esox lucius), espèce carnassière déterminante pour l'inventaire ZNIEFF. Le secteur constitue en outre un système latéral dans le lit majeur de la Saône, ce qui est de plus en plus rare.
Les prairies humides du site présentent également un intérêt floristique, comme en témoignent :
- le Pâturin des marais (Poa palustris),
- la Gratiole officinale (Gratiola officinalis), inscrite au livre rouge de la flore menacée de France et protégée règlementairement,
- le Cresson à petites feuilles (Nasturtium microphyllum),
- la Germandrée des marais (Teucrium scordium).
Les herbiers aquatiques, habitats d'intérêt européen, abritent aussi des plantes déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF avec entre autres :
- le Potamot filiforme (Potamogeton trichoides), rarissime en Bourgogne,
- le Potamot fluet (Potamogeton pusillus), plante aquatique rarissime en Bourgogne,
- l'Utriculaire citrine (Utricularia australis), rare en Bourgogne.
Ces milieux constituent par ailleurs des zones de nidification pour une avifaune prairiale remarquable avec le Courlis cendré (Numenius arquata) et le Tarier des prés (Saxicola rubetra).
Les bras morts permettent le développement de la Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisii), libellule très rare en Bourgogne, en limite de son aire de répartition.
L'île des Maillys est une île boisée relevant des systèmes forestiers alluviaux avec de l'aulnaie-frênaie-ormaie à Orme lisse (Ulmus laevis), Frêne élevé (Fraxinus excelsior) et Frêne à feuille étroite (Fraxinus angustifolia), habitat d'intérêt européen.
Il s'agit donc d'un milieu sylvatique propre aux secteurs inondables et aux bordures des cours d'eau (ripisylve), ce type de milieu est particulièrement intéressant à ce niveau de la Saône. A la faveur de bras mort s'y établissent des peuplements aquatiques : différents types de roselières hébergent le Butome en Ombelle (Butomus umbellatus), espèce végétale protégée règlementairement.
Le maintien de ce patrimoine naturel remarquable passe par la préservation des prairies humides relictuelles et des différentes ceintures de végétation. La mise en œuvre d'une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adapté aux conditions stationnelles (hygrométrie) et conservant les habitats alluviaux, est également un gage du maintien des enjeux de cette ZNIEFF.
Le périmètre comprend :
- le bras mort de Saint-Seine-en-Bâche, situé en rive gauche de la Saône, ainsi que des prairies tampons attenantes. Il exclut les secteurs cultivés situés en bordure.
-l'île boisée des Maillys, importante île de la Saône en Côte-d'Or. Elle est séparée de la rive droite par un bras partiellement envahi par la végétation
