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Au sud du Fossé bressan, la réserve naturelle de la Truchère-Ratenelle et la confluence de la Seille et de la Saône forment un paysage très diversifié associant boisements, tourbières, pelouses dunaires, étangs et prairies bocagères inondables.
Ce territoire constitue l’un des espaces naturels les plus remarquables de Bourgogne. Cela s'explique par l'existence, sur un espace réduit, d'une mosaïque de milieux naturels rares et originaux dont l'association permet l'expression d'une flore et surtout d'une faune exceptionnellement variée.
Trois grands écosystèmes différents ont été identifiés:
Tout d’abord une dune continentale (dunes de Pont Seille) riche en milieux arides, permet le développement de landes sèches, de pelouses acidiphiles à annuelles naines et d’une vaste pelouse dunaire à Corynéphore blanchâtre (Corynephorus canescens).
Ensuite, un ensemble de milieux en contexte hydromorphe sur les formations argilo-sableuses de Bresse comprend :
- un étang (l'étang Fouget) avec ses diverses végétations aquatiques d’intérêt européen et ses ceintures de végétations d’intérêt régional à européen,
- un complexe de mares intraforestières avec des végétations aquatiques d’intérêt européen,
- une tourbière, milieu d’intérêt européen unique en Bresse,
- des boisements humides d’intérêt régional à européen (chênaie pédonculée à Molinie bleue [Molinia caerulea]),
- des aulnaies marécageuses.
Enfin, l’ensemble alluvionnaire inondable de la basse vallée de la Seille se compose :
- de prairies naturelles de fauche fraîches à humides, d'ourlets humides et de mégaphorbiaies, d’intérêt régional à européen,
- de forêts alluviales d’intérêt européen.
Le site abrite de nombreuses espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF.
le système dunaire héberge entre autres :
- l’Oedipode soufré (Oedaleus decorus), un criquet méridional dont le site constitue la seule station de reproduction récurrente de l'espèce en Bourgogne,
- l’Azuré du thym (Pseudophilotes baton), papillon rare et en régression suite à la diminution des surfaces occupées par les pelouses sèches,
- le Corynephore blanchâtre (Corynephorus canescens), plante protégée réglementairement et rare en Bourgogne,
- la Spargoute printanière (Spergula morisonii), plante annuelle naine protégée réglementairement,
- la Véronique printanière (Veronica verna), plante rarissime en Bourgogne.
L’ensemble tourbeux et hydromorphe (étangs, boisements humides) accueille :
- la Leucorrrhine à gros thorax (Leucorrhinia pectoralis), libellule d'intérêt européen, exceptionnelle en Bourgogne,
- le Rossolis à feuilles rondes (Drosera rotundifolia), plante carnivore protégée réglementairement, rare en Bourgogne et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- la Laîche à fruit barbu (Carex lasiocarpa), plante exceptionnelle en Bourgogne et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France
- l'Hottonie des marais (Hottonia palustris), plante aquatique très rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- le Blongios nain (Ixobrychis minutus), échassier d'intérêt européen, nicheur occasionnel en Bourgogne.
Le système alluvial (prairies humides) sert quant à lui de refuge à :
- Une population de Râle des genêts (Crex crex), oiseau migrateur présent en période de reproduction; nicheur d'intérêt européen, l'espèce est extrêmement rare et menacée d’extinction en Bourgogne en raison de la disparition de son habitat de reproduction et de la fauche précoce des prairies,
- la Gratiole officinale (Gratiola officinalis), plante protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- le Cuivré des marais (Lycaena dispar), papillon d’intérêt européen menacé par l’intensification de l’agriculture entrainant la destruction des prairies.
L'état de conservation des milieux naturels est relativement bon, même si, localement, une certaine dégradation des prairies humides de fauche est constatée par la mise en culture ou la plantation de peupleraies.
Une petite partie de la zone est protégée par la réserve naturelle de la Truchère-Ratenelle. La confluence entre la Seille et la Saône et les massifs boisés qui entourent la réserve méritent une attention toute particulière, notamment en matière de gestion agricole et forestière appliquée aux prairies inondables aux boisements humides et aux milieux associés.
Le périmètre comprend la confluence de la Seille et de la Saône. Il englobe le complexe alluvial inondable, les prairies de la basse Seille, la RN de la Truchère Ratenelle (dunes continentales, étang, tourbière), le bois fouget et le bois de Maillance, qui, bien que situé dans l'Ain, est la propriété de la commune de la Truchère.
