Au coeur du Bazois, sur les argiles et marnes du Lias, le territoire est composé d’un vaste secteur de collines couvertes de prairies bocagères et de boisements associées à quelques zones cultivées. Il est parcouru par la vallée de l’Yonne (elle-même encadrée de prairies bocagères riches en zones humides) et de nombreux ruisseaux annexes. Les étangs de Baye et de Vaux et les massifs boisés environnants constituent une zone remarquable à part.
Ce site est d’intérêt régional pour une grande diversité de milieux (étangs, bois, milieux prairiaux) et les espèces animales et végétales inféodées.
1) Les étangs de Baye et de Vaux, avec leurs niveaux d’eau variables, accueillent des ceintures végétales diversifiées avec :
- des herbiers aquatiques, d’intérêt régional à européen,
- des végétations des berges exondées, d’intérêt européen,
- des ourlets à hautes herbes, d’intérêt européen,
- des saulaies,
- des roselières.
Diverses espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF caractérisent ces milieux avec par exemple :
- le Flûteau à feuilles de graminées (Alisma gramineum), plante amphibie pionnière, exceptionnelle en Bourgogne, inscrite au livre rouge de la flore menacée de France et protégée réglementairement,
- l'Elatine verticillée (Elatine alsinastrum), plante amphibie exceptionnelle en Bourgogne et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- l'Hottonie des marais (Hottonia palustris), plante aquatique très rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- le Busard des roseaux (Circus aeruginosus), rapace diurne d’intérêt européen, nicheur très rare en Bourgogne,
- la Sarcelle d’été (Anas querquedula), canard nicheur très rare en Bourgogne.
De nombreuses espèces de canards (Anatidés), d’échassiers et de limicoles viennent s’alimenter sur les étangs de Baye et de Vaux en période de halte migratoire et d’hivernage.
2) Les cours d’eau et les fond de vallées riches en mares et en sources sont riches en habitats d’intérêt régional avec :
- des ripisylves d’aulnes et de frênes, d’intérêt européen,
- des végétations aquatiques des cours d’eau, d’intérêt européen,
- des mégaphorbaies et ourlets à hautes herbes, deux habitats d’intérêt européen,
- des sources et végétations amphibies des bordures de cours d’eau, deux habitats d’intérêt régional,
- des bas marais alcalin, habitat d’intérêt européen très localisé,
- des aulnaies marécageuses, d’intérêt régional.
Ces milieux hébergent une faune aquatique déterminante pour l’inventaire ZNIEFF avec :
- la Lamproie de Planer (Lampetra planeri) et le Chabot (Cottus gobio) deux poissons d’intérêt européen indicateurs d’une bonne qualité d’eau,
- l'Agrion de mercure (Coenagrion mercuriale) et l'Agrion orné (Coenagrion ornatum), deux libellules d'intérêt européen,
- l'Impatiente ne me-touchez pas (Impatiens noli-tangere), plante des boisements humides, rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- la Cicogne noire (Ciconia nigra), échassier d'intérêt européen présent en halte migratoire et qui vient s'alimenter dans les prairies et au niveau des bordures de cours d'eau,
- Cuivré des marais (Lycaena dispar), papillon protégé réglementairement, menacé par la disparition des prairies.
Le réseau de mares prairiales accueille des populations reproductrices de Triton crêté (Triturus cristatus). Cet amphibien d’intérêt européen est menacé par la destruction de son habitat (comblement des mares et isolement des populations du fait de l’extension des territoires cultivés) et régresse dans plusieurs régions naturelles de Bourgogne.
3) Les forêts sont composées de chênaies-charmaies et de chênaies-frênaies dont certaines sont d’intérêt régional en contexte humide.
Diverses espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF y sont notées, comme le Millepertuis Androsème (Hypericum androsaemum), plante des boisements humides, rare en Bourgogne et proche de la limite nord est de son aire de répartition.
4) En plus des classiques prairies pâturées d'autres habitats ouverts d’intérêt régional sont présents sur le site, dont :
- des pelouses sèches sur sols calcaires, habitats d’intérêt européen localisés sur le site,
- des pelouses sèches à espèces vivaces sur sols siliceux, habitats d’intérêt européen localisés sur le site,
- des prairies de fauche d’intérêt européen, répandues sur le site,
- des affleurements rocheux siliceux, d’intérêt européen, sur les rares zones de grès et de granites.
Ces différents milieux (boisements, prairies bocagères, étangs, cours d’eau) constituent des zones de reproduction et d’alimentation pour une avifaune diversifiée avec :
- la Chouette chevêche (Athene noctua), rapace nocturne menacé par la destruction de son habitat (vieux arbres en contexte bocager),
- l'Aigle botté (Hieraaetus pennatus), rapace d'intérêt européen, nicheur rare en Bourgogne,
- la Pie-grièche écorcheur (Lanius collurio), passereau d’intérêt européen,
- le Grand Murin (Myotis myotis), chauve-souris d'intérêt européen qui présente ici des colonies de reproduction en bâtiments.
En période hivernale le site accueille la Barbastelle d'Europe (Barbastella barbastellus), chauve-souris d'intérêt européen qui hiverne dans le complexe de milieux souterrains lié au canal de la Collancelle.
Ce patrimoine dépend :
- du maintien d'un élevage extensif respectueux des milieux prairiaux, des cours d'eau, des mares, des zones humides et des haies,
- d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant les milieux annexes (clairières, layons, cours d'eau, lisières, ourlets, zones humides, etc.),
- d'une gestion douce des plans d'eau, respectueuse des herbiers aquatiques et des ceintures de végétation.
Il convient également de maintenir le régime hydraulique des cours d'eau sans seuils ni enrochement des berges, et de maintenir les ripisylves.
Le patrimoine souterrain est sensible : le dérangement provoque le réveil des chauves-souris et la sur-consommation de leurs réserves d'énergie, ce qui peut compromettre leur survie en période hivernale.
Périmètre délimité par un secteur bocager du Bazois riche en habitats et en espèces d'intérêt régional avec notamment :
- le secteur des étangs de Baye et de Vaux,
- la vallée inondable de l'Yonne,
- des collines bocagères riches en milieux humides (prairies humides, mares).