Le marais de Guînes est situé au pied des collines crayeuses de l'Artois, aux portes de la plaine maritime flamande. Il correspond à l’ancien delta de l’Aa et comprend en son cœur des tourbes de surface d'épaisseurs parfois importantes. Alimenté par les eaux ruisselant des collines crayeuses de l'Artois et par la nappe de la craie, ce site fait partie des marais tourbeux alcalins. Cette particularité permet le développement d'une flore et d'une végétation caractéristiques des tourbières alcalines. Les nombreux étangs qui parsèment le site témoignent d'une importante activité passée d'extraction de la tourbe. La partie centrale, correspondant à la zone la plus humide et tourbeuse, ne permettait pas d'activité agricole ni pastorale ; elle était de ce fait principalement dédiée à la chasse (hutte d'étangs, platières à bécassines…). Aujourd'hui, une grande partie de ce site est acquise par le département du Pas-de-Calais et gérée dans le cadre de la politique des espaces naturels sensibles. Ce site est composé d'étangs, de roselières, de mégaphorbiaies, de prairies humides et de bois marécageux, dont les plus remarquables correspondant à la série des tourbières basses alcalines sont présentés ci-dessous : Herbier à Potamot coloré [Potametum colorati] ; Tremblants à Ményanthe trèfle-d'eau et Comaret des marais [Junco subnodulosi - Caricenion lasiocarpae] ; Bas-marais à Laîche écailleuse et Pédiculaire des marais [Hydrocotylo vulgaris - Schoenenion nigricantis] Roselière turficole à Fougère des marais et Phragmite commun [Thelypterido palustris - Phragmitetum australis] ; Prairie à Hydrocotyle commune et Jonc à fleurs obtuses [Hydrocotylo vulgaris – Juncetum subnodulosi] ; Roselière à Gesse des marais et Lysimaque commune [Lathyro palustris - Lysimachietum vulgaris] ; Fourré à Saule cendré et Aulne glutineux [Alno glutinosae – Salicetum cinereae] ; Aulnaie à Fougère des marais [Groupement à Alnus glutinosa et Thelypteris palustris]. La présence ponctuelle de petits bombements de sphaignes constitue également un élément d'intérêt patrimonial supplémentaire et pourrait traduire des phénomènes d'acidification superficielle au sein de ce marais tourbeux alcalin. Parmi les différentes végétations présentes sur le site, 25 sont déterminantes de ZNIEFF. Au niveau floristique, près d’une cinquantaine espèces déterminantes de ZNIEFF y ont été observées depuis 1990, dont 23 sont protégées en région Nord Pas-de-Calais et une, la Grande douve (Ranunculus lingua), protégée sur l'ensemble du territoire national. Ce complexe d’habitats très diversifié est à l’origine du nombre élevé d’espèces déterminantes de faune fréquentant le marais de Guînes. L’extension à l’est de la ZNIEFF permet d’inclure une station de Conocéphale des roseaux (Conocephalus dorsalis), espèce fortement menacée d’extinction dans la Liste rouge française pour le domaine némoral (SARDET & DEFAUT, 2004). Le site abrite une herpétofaune riche avec, entre autres, cinq espèces déterminantes ; parmi elles, le Triton crêté, inscrit à l’Annexe II de la Directive européenne Habitats. Son statut assez commun en région donne une importance particulière aux populations du Nord – Pas-de-Calais en terme de conservation (GODIN, 2003). La Rainette verte, peu commune en région et principalement observée dans les mares voisines du littoral et les pannes dunaires, est également observée sur le site (GODIN, 2003), tout comme la Grenouille verte de Lessona. Cette dernière est assez commune en région (GODIN, 2003). Elle est quasi menacée au niveau national (UICN France et al., 2009), le Klepton Pelophylax kl. esculentus se substituant à l’espèce parente. Elle est citée ici sous réserve puisque seules des analyses génétiques permettent de déterminer l’espèce avec certitude. La Couleuvre à collier, généralement observée dans les vallées, les zones d’étangs et les prairies humides, est peu commune et en régression dans la région (GODIN, 2003). Trois espèces déterminantes de Rhopalocères fréquentent le site : la Thécla du bouleau (Thecla betulae), assez rare au niveau régional et le Collier de corail (Aricia agestis) et l’Azuré des nerpruns (Celastrina argiolus), tous deux classés peu commun dans la région (HAUBREUX [coord.], 2005). Concernant les Odonates, l’Agrion mignon (Coenagrion scitulum) et le Sympétrum jaune (Sympetrum flaveolum) sont tous deux inscrits dans la Liste rouge nationale (DOMMANGET, 1987). La pérennité des populations de cette dernière n’est cependant pas certaine sur le site. L’Agrion mignon, assez commun en région, est observé principalement à proximité des eaux stagnantes mais aussi au niveau des parties calmes des ruisseaux et des rivières (GODIN et al., 2003). Le Sympétrum jaune (Sympetrum flaveolum) est quant à lui peu commun dans la région. Il est généralement observé dans les prairies humides à inondations printanières prolongées (GODIN et al., 2003). Deux espèces déterminantes d’Orthoptères ont été signalées. Le Conocéphale des roseaux (Conocephalus dorsalis) (cf supra) et le Criquet ensanglanté (Stethophyma grossum), assez rare dans le Nord – Pas-de-Calais (FERNANDEZ et al., 2004), trouve aussi sur le site les habitats correspondant à ses exigences écologiques (habitats très humides comme les prairies humides et les habitats rivulaires) (COUVREUR & GODEAU, 2000). Le marais de Guînes représente une zone humide de grand intérêt pour la reproduction de certaines espèces d’Oiseaux (Gorgebleue à miroir, Locustelle luscinioïde, Phragmite des joncs), mais également en tant que relais migratoire et halte pour les déplacements entre le littoral et le Marais audomarois (ZNIEFF 023-01, 023-03, etc.). Le Butor étoilé et le Busard des roseaux sont tous deux nicheurs (probable à certain) sur le site ; ils sont inscrits à l’Annexe I de la Directive Oiseaux et sont identifiés comme étant vulnérables dans la Liste rouge nationale (UICN France et al., 2008). Le Butor étoilé est inféodé aux roselières de grande taille, inondées, calmes et peu pénétrables (GODIN, 2003). Cette ZNIEFF constitue un des derniers bastions régionaux de l'espèce dont la population régionale était estimée à 3 couples en 2005 (GODIN, 2007). Le Busard des roseaux, commun en région, niche traditionnellement dans des roselières (TOMBAL [coord.], 1996). La Locustelle luscinioïde, classée en danger dans la Liste rouge nationale (UICN France et al., 2008), est également nicheuse sur le site. Elle fréquente les roselières denses et âgées, principalement les phragmitaies. L’assèchement des zones humides, associé à la dégradation des roselières, sont probablement la cause du déclin de l’espèce (TOMBAL [coord.], 1996). Une espèce déterminante de Chiroptère est présente sur le site : la Pipistrelle de Nathusius. Cette espèce forestière (ARTHUR & LEMAIRE, 2009) est quasi-menacée au niveau national (UICN France et al., 2009) ; elle est peu commune en région (FOURNIER [coord.], 2000). La ZNIEFF accueille une espèce déterminante de Mollusque, Vertigo moulinsiana, qui est observée dans les marais herbeux et les zones humides calcaires. En 2002, il était observé sur une dizaine de sites régionaux (CUCHERAT, 2005).
Aucune modification significative du périmètre n’a été apportée par rapport à celui de 1ère génération (quelques ajustements sur SIG par rapport au parcellaire).