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Située à une quinzaines de kilomètre au nord-ouest de la métropole lilloise, les prairies de Warneton représentent l’un des derniers exemples du système alluvial de la basse vallée de la Lys, avec un complexe de végétations eutrophiles hygrophiles de différents niveaux topographiques. Le site est dominé par de vastes prairies inondables plus ou moins pâturées ou fauchées, émaillées de dépressions ou de mares et sillonnées par un réseau aquatique de drainage assez dense. L’île Ouest, peu fréquentée et non gérée, est dominée par des roselières et des mégaphorbiaies
Au total, cette ZNIEFF abrite 8 plantes déterminantes de ZNIEFF dont 4 revues depuis 2013 et au moins 7 végétations déterminantes de ZNIEFF dont 3 revues depuis 2013. Ainsi, cette ZNIEFF qui s'incrit dans un contexte particulièrement urbanisé, présente un intérêt floristique et phytocénotique important dans ce secteur.
32 espèces déterminantes de faune ont été identifiées dans le périmètre du site, dont 24 depuis 2013.
La majorité des espèces déterminantes observées depuis 2013 appartient à la classe des oiseaux. Une partie importante de la communauté avifaunistique est liée aux habitats humides et aquatiques, avec un remarquable cortège de passereaux paludicoles : Rousserolle effarvatte, Bruant des roseaux, Bouscarle de cetti, Phragmite des joncs et Gorgebleue à miroir.
La Gorgebleue à miroir et le Martin-pêcheur d’Europe sont tous deux inscrits à l’Annexe I de la Directive Oiseaux. Après avoir connue une très forte progression pendant les années 1980-1990, la Gorgebleue à miroir est actuellement assez répandue dans la région. Elle a une préférence pour les milieux fermés comme les roselières et les bosquets de saules ; les milieux plus ouverts et les dépressions de marais constituent quant à eux des terrains de chasse privilégiés. Le Martin-pêcheur d’Europe est peu commun dans la région (Beaudoin & Camberlein, 2017). L’espèce affectionne des cours d’eau petits à moyens, à berges meubles et verticales où il creuse une galerie pour la nidification.
L’Huîtrier pie, inscrit à l’Annexe II de la Directive Oiseaux, est rare et en danger critique d’extinction dans le Nord et le Pas-de-Calais (Beaudoin & Camberlein, 2017). Le site des prairies humides de Warneton constitue à ce titre un site à enjeu pour la conservation de l’espèce. Elle occupe les prairies inondables, les dunes humides ou sèches en bordure de mer, les bords de mares, etc.
Une espèce déterminante de Mollusques a été recensée sur le site : Vertigo moulinsiana. Cette espèce est inscrite à l’Annexe II de la Directive Habitats-Faune-Flore. Elle est toutefois à rechercher spécifiquement car elle n’a pas été observée depuis 2000.
Le Triton crêté a été observé en 2012. Également inscrit à l’annexe II de la Directive Habitats-Faune-Flore, il fréquente principalement les grandes mares prairiales avec une végétation aquatique diversifiée et relativement dense. Cette espèce est également à rechercher car elle reste potentiellement présente.
Le périmètre d’origine, qui correspondait au système de prairies alluviales longeant la frontière belge au niveau de la commune de Warneton, a été réduit : l’îlot sur lequel passe la route D108 est désormais exclu du périmètre car les prospections de terrain 2010 ont révélé une absence d’intérêt floristique et phytocénotique. En effet, les prairies sont d’un niveau topographique bien supérieur et sont amendées, voire traitées aux antidicotylédones pour certaines. Les haies sont plantées de diverses essences dont Prunus mahaleb.
En 2018, une extension est proposée. Elle forme un îlot situé au nord-est du périmètre actuel de la ZNIEFF, délimité au Nord par la frontière avec la Belgique longeant l'ancien lit de la rivière Lys désormais canalisée (formant une boucle), et au Sud par le cours canalisé de la Lys également. Trois espèces déterminantes de faune y ont été observées en 2018 (toutes des oiseaux) : Rousserolle effervatte, Martin-pêcheur d'Europe et Hipolaïs ictérine.
