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Les prairies humides de Clairmarais et du Bagard couvrent plus de 600 hectares dans la partie est du marais audomarois. Elles sont bordées au sud par la Forêt de Clairmarais et au nord par le début des collines de Flandre. L'extrémité ouest du site, constituant le prolongement sud de la Réserve naturelle nationale du Romelaëre, est entourée par des zones urbanisées ou vouées au maraîchage et par le canal à grand gabarit. Cette zone humide apparaît comme un espace très ouvert composé d’une mosaïque de prairies alluviales humides à inondables, pâturées ou fauchées, et quadrillées par un réseau très dense de fossés, pour la plupart en eau une partie de l’année. Quelques poches de tourbe relictuelle sont ponctuellement présentes et permettent l'expression d'espèces et de végétations caractéristiques, mais toujours de manière fragmentaire. Des mégaphorbiaies et des roselières ponctuent cet ensemble, en grande partie encore exploité ou utilisé à des fins cynégétiques. Quelques parcelles ont été plantées de peupliers et, en périphérie ou dans les secteurs les mieux drainés, certaines sont cultivées. Des mesures de préservation ont été mises en place sur certaines parcelles de ce site : Espaces naturels sensibles du département du Pas-de-Calais (dont certaines parcelles ont été intégrées à la réserve naturelle nationale du Romelaëre), site géré par le Conservatoire des sites naturels du Nord et du Pas-de-Calais, mesures agri-environnementales. L'intérêt de ce site réside bien évidemment dans les prairies humides, mais aussi dans le considérable réseau de fossés et de plans d'eau qui les quadrillent et qui multiplient ainsi les possibilités d'expression de la flore et des végétations aquatiques et amphibies. Parmi les différentes végétations présentes sur le site, 24 sont déterminantes de ZNIEFF. Les plus remarquables sont les suivantes : Herbier flottant à Stratiote faux-aloès et Morrène aquatique (Lemno - Hydrocharitetum morsus-ranae) ; Voile aquatique à Utriculaire commune et Lenticule mineure [Lemno minoris - Utricularietum vulgaris] ; Roselière à Gesse des marais et Lysimaque commune [Lathyro palustris - Lysimachietum vulgaris], qui est très rare et ponctuelle sur le site et dont un individu a été détruit par curage d'un fossé avant 2005 ; Cariçaie à Cicutaire vireuse et Laîche faux-souchet [Cicuto virosae - Caricetum pseudocyperi], uniquement présente de manière "optimale" au niveau régional dans l'extension du marais du Grand Saint-Bernard ; Prairie pâturée à Troscart des marais et Agrostide stolonifère [Triglochino palustris - Agrostietum stoloniferae] ; Prairie fauchée à Éléocharide des marais et Oenanthe fistuleuse [Eleocharito palustris - Oenanthetum fistulosae]. D'un point de vue floristique, une cinquantaine d’espèces déterminantes de ZNIEFF y ont été observées depuis 1990, dont 23 sont protégées en région Nord Pas-de-Calais et une, la Grande douve (Ranunculus lingua), protégée sur l'ensemble du territoire national. À cette liste s'ajoute une espèce originale en France, protégée en région Nord Pas-de-Calais et pour laquelle le marais audomarois (où elle est naturalisée de longue date) constitue l'un des derniers bastions : le Stratiote faux-aloès (Stratiotes aloides). Il convient particulièrement de mentionner la Cicutaire vireuse (Cicuta virosa), déterminante de ZNIEFF et protégée en région, dont le Marais du Grand Saint-Bernard héberge la dernière population régionale actuellement connue. Cette ZNIEFF réalise un continuum avec les étangs et marais du Romelaere (ZNIEFF 023-01) et la Forêt domaniale de Clairmarais (ZNIEFF 023-02), dont elle se distingue cependant par les milieux qu’elle abrite. L’extension située au nord de la ZNIEFF est justifiée par la présence d’une espèce déterminante d’Odonate : la Libellule fauve (Libellula fulva). Vingt espèces d’Odonates sont observées sur l’ensemble du site dont sept sont des espèces déterminantes. Parmi elles, le Sympétrum noir (Sympetrum danae), le Sympétrum jaune (Sympetrum flaveolum) et le Sympétrum commun (Sympetrum vulgatum) sont inscrits sur la Liste rouge nationale (DOMMANGET, 1987). Les sites avérés de reproduction du Sympétrum noir sont très localisés dans la région (GODIN et al., 2003). L’observation du Sympétrum jaune en 1995 est à mettre en relation avec un mouvement migratoire provenant d’Europe du Nord. La pérennité de cette espèce sur le site n’est donc pas prouvée (VANAPPELGHEM, 2005). Le Sympétrum commun est observé à proximité des eaux stagnantes. La Libellule fauve (Libellula fulva) et l’Aeschne isocèle (Aeshna isoceles) sont assez rares et très localisées à l’échelle régionale (GODIN et al., 2003). La population d’Aeschne isocèle occupe vraisemblablement les deux ZNIEFF à proximité et se trouve dans un de ses deux bastions régionaux. Concernant les Orthoptères, le Conocéphale des roseaux (Conocephalus dorsalis) est fortement menacé au niveau national pour le domaine némoral (atlantique au sens large) (SARDET & DEFAUT, 2004). L’espèce est principalement observée dans les prairies humides à joncs et autres végétaux hygrophiles (COUVREUR & GODEAU, 2000). Le Criquet marginé (Chortippus albomarginatus) et le Phanéroptère commun (Phaneroptera falcata) sont tous deux assez rares dans la région (FERNANDEZ et al., 2004). Le Phanéroptère commun est néanmoins en expansion vers le Nord en Belgique (COUVREUR & GODEAU, 2000) et en Allemagne (HOCHKIRCH, 2001). En Famenne (Belgique) et dans le Nord de la France, le Criquet marginé est principalement observé les prairies, à tendance humide, pâturées ou fauchées (COUVREUR & GODEAU, 2000). Deux espèces d’Oiseaux sont inscrites à l’Annexe I de la Directive Oiseaux, dont le Martin-pêcheur d’Europe, qui est nicheur probable sur le site. La Sarcelle d’été, nicheuse certaine dans le périmètre, et la Sarcelle d’hiver, nicheuse possible, sont toutes deux inscrites à l’Annexe II de la Directive Oiseaux et sont classées vulnérable dans la Liste rouge nationale (UICN France et al., 2008). Concernant la malacofaune, trois espèces déterminantes sont présentes sur le site. Pisidium pseudosphaerium, vulnérable à l’échelle nationale (MOUTHON & KUIPER, 1987), est caractéristique des tourbières et des prairies inondables. Pseudotrichia rubiginosa est observé en région dans les débris de végétations à proximité des cours d’eau et Segmentina nitida vit en milieu aquatique méso-eutrophe (CUCHERAT, 2005). Parmi les cinq espèces déterminantes de Chiroptères, la Noctulle commune, la Noctule de Leisler et la Pipistrelle de Nathusius sont toutes trois des espèces inféodées au milieu forestier (ARTHUR & LEMAIRE, 2009) ; elles sont inscrites à l’Annexe IV de la Directive Habitats et sont quasi-menacées à l’échelle nationale (UICN France et al., 2009). Dans le Nord – Pas-de-Calais, la Noctule de Leisler est rare, la Noctule commune est assez rare et la Pipistrelle de Nathusius est peu commune (FOURNIER [coord.], 2000).
Le périmètre de cette ZNIEFF correspond à la fusion des périmètres de deux ZNIEFF de 1ère génération : 23-4 – Bois du Ham et 23-5 – Bois royal de Watten. Cette fusion est justifiée par la proximité géographique et les fortes similitudes géomorphologiques et écologiques de ces deux sites. L’extension au sud-est abrite une espèce déterminante de Rhopalocère : la Thécla du bouleau (Thecla betulae).
