Le Lac du Ballon et ses abords constitue un des seuls sites connus de présence du crapaud accoucheur. Le lac est également fréquenté par plusieurs autres espèces d'amphibiens, plus communes comme la Grenouille rousse et le Crapaud commun, ainsi que le Triton palmé.
La ZNIEFF correspond à la zone de présence des espèces sensibles connues sur et autour du Lac.