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Ce site est spécifiquement consacré au Milan royal, espèce migratrice menacée déterminante en Alsace, permettant de désigner à elle seule une ZNIEFF.
Le site de nidification des Longues Raies se situe en bordure du canal du Rhône au Rhin. Le Milan royal est connu comme nicheur sur ce site depuis 2008 et y est observé chaque année jusqu'en 2011. Le massif longiligne, qui s'étend entre la voie ferrée et le canal, correspond à une forêt de feuillus et ne présente que peu d'intérêts écologiques, hormis la fonction de corridor terrestre en accompagnement du canal.
Le Milan royal, protégé en France, est le plus grand rapace diurne nicheur d'Alsace. Opportuniste et charognard, il niche dans les bois et bosquets pourvus de gros arbres entourés de milieux ouverts dominés par l'agriculture extensive, préférentiellement des pâtures et affectionne les vallons parcourus de rivières. Cette mosaïque de milieux, propre au Sundgau et au Jura alsacien, explique sa présence encore aujourd’hui. Son territoire de chasse s'étend sur un rayon de 2,5 km autour de l'aire. Au niveau national, ses effectifs ont considérablement diminué depuis le XIXème siècle, bien qu’une augmentation passagère ait eu lieu entre 1975 et 1990. Depuis 1990, la régression a repris. Le Sundgau et le Jura alsacien constituent les derniers bastions de l'espèce dans le Haut-Rhin, où un suivi de la nidification a été mené par la LPO Alsace. La population alsacienne en 2011 est estimée entre 35 et 49 couples nicheurs.
Les menaces qui pèsent sur cette espèce dans le secteur son surtout, outre les modifications des pratiques agricoles et l'urbanisation (altération des zones de chasse), les dérangements sur les sites de reproduction et la destruction involontaire des aires (travaux forestiers notamment), l'augmentation du déficit en nourriture en période de nourrissage des jeunes en raison de la raréfaction des prairies. La LPO a procédé ces dernières années à des actions de sensibilisation des agents de l’ONF afin de maintenir les zones favorables à la nidification de l'espèce dans les massifs gérés par l’ONF.
La ZNIEFF 1 est proposée selon une délimitation de la parcelle forestière où le nid a été observé et en concertation avec la LPO et en cohérence avec la méthode retenue pour le lot Vosges du Nord. Le tracé de la zone comporte l'entité boisée comprenant la lisière forestière et la bande enherbée (site préférentiel de nidification du Milan royal). Il a été choisi de ne pas englober l'ensemble du massif forestier car l'intérêt écologique du massif, en dehors de la présence du Milan royal, ne permet pas de définir une ZNIEFF. Aussi, les nids observés depuis 2008 sur le site sont toujours localisés au même endroit, le reste du massif à l'ouest ne semblant pas convenir au Milan royal pour sa reproduction. La frange nord du périmètre correspond à une culture intensive de maïs et n'a pas été prise en compte.
