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Situé au sud du massif du Lomont, le Cusancin naît à 350 m d'altitude sur le territoire de Val de Cusance. Il est issu de deux sources principales : la Source Noire et la Source Bleue alimentées par un réseau karstique fortement anastomosé. A ces émergences permanentes s'ajoute la résurgence temporaire du "puits des Alloz" qui, en période pluvieuse, donne naissance au torrent des Alloz, dans le thalweg de la vallée supérieure.
Après une chute de quelques mètres, le cours supérieur du Cusancin, principalement garni de blocs, est encaissé dans une série de calcaires compacts du Jurassique moyen. Le site très sauvage du canyon rappelle le paysage du Dessoubre à l'aval de Gigot. La vallée s'élargit au Val de Cusance où elle reçoit l'important ruisseau de la "Source bleue". Dans sa partie inférieure, il se perd par endroits dans le relief karstique. A Guillon-les-Bains, où le Cusancin accueille une importante résurgence, la vallée s'encaisse jusqu'à Pont-les-Moulins où conflue l'Audeux. Jusqu'à sa confluence avec le Doubs à Baume-les-Dames, le lit de la rivière, large d'une quinzaine de mètres, constitué de galets, de graviers et de sables serpente dans un vallon étroit.
Compte-tenu de sa topographie, du degré d'hydromorphie et de son orientation est-ouest, la vallée du Cusancin présente une riche succession de stations conférant à l'ensemble un haut intérêt phyto-écologique et floristique.
Sur l'ubac, l'érablière à scolopendre souligne la base des falaises et les secteurs confinés sur éboulis grossiers. Cette formation reste ponctuelle mais présente cependant un très bon état de conservation. Elle cotoie la chênaie-charmaie calcicole à érables, tilleuls et fougères et, sur des terrains mieux stabilisés, la chênaie-charmaie calcicole* à hêtre et dentaire pennée. Sur l'adret, la chênaie-charmaie calcicole* thermophile* (éboulis stabilisés) occupe localement des hauts de versant. La chênaie-charmaie calcicole* mésophile* typique à fraîche (bas de versant) occupe une place prépondérante. En haut de versant, les rebords de corniche ensoleillés voient s'épanouir la chênaie pubescente, groupement d'affinité méditerranéenne relativement rare dans la région.
Au côté de la forêt, un certain nombre de milieux herbacés ont élu domicile, notamment sur les versants, les éboulis et les rebords de corniche bien exposés : pelouses xériques avec localement l'oeillet bleuâtre et l'hutchinsie des rochers, pelouse thermophile à brome dressé, groupements d'éboulis. Le substrat calcaire, le sol superficiel, l'exposition chaude et l'absence totale de fertilisation permettent alors la venue, sur des superficies restreintes, d'une flore et d'une faune remarquables. Ainsi, le sommet du Mont Châtard abrite une chênaie-charmaie typique avec des espèces thermophiles vers le rebord de la falaise. Elle est suivie par une végétation de lisière (où les arbustes sont en très grand nombre, avec la petite ciguë dans les ourlets) et par une pelouse de faible pente sur sol peu épais, graveleux et peu humifère. Les corniches et les falaises abritent également des espèces adaptées qui s'installent dans les fissures de la roche
Les bords du Cusancin et de ses afférences sont colonisés par des saulaies pionnières arbustives et des saulaies arborées discontinues. Le fond de vallée très chahuté du torrent des Alloz présente, quant à lui, une ripisylve submontagnarde et des mégaphorbiaies dont le développement à cette altitude basse est surprenant. Elles confirment la situation froide de ce secteur, illustrée, par ailleurs, par la présence d'espèces montagnardes comme le lézard vivipare ou encore plusieurs invertébrés benthiques d'eau froide. Enfin, les différentes sources qui alimentent le Cusancin sont à l'origine de formations tufeuses qui permettent le développement de communautés de mousses dont la répartition est très restreinte en Franche-Comté.
Hormis les rapaces forestiers caractéristiques (milan noir, milan royal , autour des palombes...), il convient de signaler que les falaises de la source du Cusancin et celles des roches de Châtard abritent le faucon pélerin et le grand corbeau. Le cincle plongeur fréquente les sites d'eau vive du secteur.
Du point de vue hydro-écologique, le Cusancin est rattaché aux 4 premiers niveaux typologiques de VERNEAUX, régulièrement distribués de la source à la confluence à Baume-les-Dames. Cette unité constitue un exemple remarquable dans le bassin du Doubs. La Source Noire et le Val de Cusance appartiennent aux niveaux typologiques apicaux correspondant aux reculées froides de plaine.
La fraîcheur des eaux constitue un atout écologique fondamental pour le cours d'eau qui présente, par ailleurs, une succession caractéristique de seuils constitués de barres tufeuses, richement colonisées par les mousses aquatiques, et de mouilles profondes. Cette disposition s'avère très favorable à la truite et à l'ombre commun. La qualité de l'eau appartient actuellement à la classe 1B (second niveau dans la gamme) pour un objectif optimal (classe 1A) avec un indice biologique général de 16 / 20.
La vallée du Cusancin et le torrent des Alloz présentent un intérêt remarquable à divers titres. Cependant quelques menaces et dégradations sont perceptibles.
Actuellement, la qualité de l'eau du Cusancin régresse régulièrement : la teneur en nitrates a été multiplié par 6 en 20 ans et les apports en phosphates s'accroissent également. L'atteinte la plus sévère porte sur les apports minéraux et organiques en provenance des plateaux (3/4 de la charge) amplifiés dans le vallée par les rejets domestiques (tourisme, hotellerie, camping), les piscicultures et les étangs responsables du réchauffement de l'eau et d'apports exessifs en matières en suspension. De plus les épandages d'engrais liquides (lisier de porcherie) s'intensifient dans tous les compartiments du bassin versant. Enfin, les produits d'entretien de la végétation du canal du camping de Pont-les-Moulins ne sont pas exportés et sont évacués dans le Cusancin après la fauche.
Certaines dégradations affectent les ripisylves où des coupes importantes et des plantations de peupliers et de résineux contribuant à altérer les fonctions de cette forêt originale (stabilité des berges, épuration des eaux, abris racinaires pour le poisson, écran vis à vis du réchauffement solaire, abri pour la nidification des oiseaux, rôle paysager). De même, certaines parcelles étroites de fond de vallée ou de coteau ont été, par suite de l'abandon des pratiques agricoles, le siège de boisements dont l'insertion dans le paysage est assez malheureuse.
OBJECTIFS ET MOYENS DE PRÉSERVATION ET DE GESTION
L'ensemble de la vallée du Cusancin est un site classé, compte-tenu de son caractère pittoresque basé essentiellement sur le maintien de paysages ouverts en fond de vallée et sur les coteaux, avec des villages dont le caractère ancien reste préservé et des forêts feuillues dominées par des reliefs marqués. Sur certains secteurs de falaise, cette disposition est complètée par un arrêté préfectoral de protection de biotope visant à protéger les oiseaux rupestres dont le faucon pèlerin.
Les objectifs de gestion et les moyens de préservation découlent de la sensibilité particulière des milieux naturels et des atteintes observées. Sur l'ensemble du site, plusieurs priorités se dégagent ; les moyens permettant de les atteindre devront faire l'objet d'une définition au niveau local.
Plusieurs objectifs sont relatifs à la préservation de la qualité des eaux, avec en particulier :
- réduction des pollutions agricoles, touristiques et domestiques sur le bassin versant et la vallée avec mise en place de plans d'épandage ;
- développement des systèmes d'élevage favorisant la production de déjections animales sous forme de fumier plutôt que de lisier ;
- réduction du nombre d'enclos et suppression des mares artificielles ;
- gestion des piscicultures, respectueuse de la rivière, notamment en terme de nourrissage des poissons et de curage des bassins ;
- maintien des espaces prairiaux de fond de vallée et poursuite de pratiques extensives en bordure de cours d'eau.
Les actions de gestion devront viser au maintien et à la restauration des ripisylves qui bordent le Cusancin et le torrent des Alloz, les essences adaptées aux conditions hydriques, à la nature des sols et au respect des systèmes aquatiques étant privilégiées.
La gestion des massifs forestiers devra tenir compte de la nature des formations végétales et de leur intérêt biologique (maturité et structure) ; elle pourra définir les secteurs non exploitables, ceux devant faire l'objet d'une gestion particulière et ceux où une gestion ordinaire adaptée aux potentialités du milieux est suffisante. Dans ces conditions, la vocation feuillue des forêts doit être confirmée ; elle répond en effet aux impératifs de protection paysagère et aux potentialités des sols. Enfin, outre le respect des forêts de pente et des formations thermophiles*, une attention particulière sera apportée à l'entretien des milieux ouverts intraforestiers et des corniches.
