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La Combe d'Ain est une vaste dépression recouverte d'alluvions glaciaires entaillées par l'Ain à une altitude de 530 m. ;Elle constitue un des trois grands ensembles morphologiques du pays des Lacs, avec la côte de l'Euthe et le plateau de Champagnole, marqué par la période glaciaire du Quaternaire.
L'Ain a sa source à Conte mais il est rapidement renforcé par d'autres afférences dont la plus importante est la source de la Papeterie. Toutes sont des exsurgences d'un système complexe s'étendant du plateau de Levier au sud de Nozeroy. D'une longueur totale de 194 km, l'Ain quitte la Franche-Comté après 100 km de parcours dans le Jura, à l'aval de la retenue de Coiselet. Il reçoit essentiellement ses affluents en rive gauche : Serpentine, Saine, Lemme, Angillon, Hérisson et Sirène. La rivière quitte le plateau après de nombreuses pertes et rejoint, par plusieurs failles, la Combe d'Ain.
Le substrat calcaire, plus ou moins marneux de la Combe d'Ain, permet, lorsque les pratiques agro-pastorales sont restées très modérées, l'expression de pelouses sur marnes. Les dépôts morainiques de la Combe d'Ain ont permis l'installation de formations humides qui, avec les pelouses et les systèmes aquatiques, constituent l'atout biologique majeur de la région.
Les pelouses sont des formations herbacées riches en espèces végétales et animales. Elles sont de plusieurs types et se différencient en fonction des conditions de sécheresse, du substrat et du sol :
- sur la partie amont, dominant la vallée, les falaises et les pelouses thermoxérophiles* qui leur sont associées sont caractérisées par des espèces subméditerranéennes. Ces pelouses restent très localisées dans le massif jurassien.
- des pelouses mésoxérophiles* à laîche humble (Carici humilis - Brometum) ou à phalangère rameuse (Antherico ramosi - Brometum erecti). Elles se situent sur les sols peu épais des plateaux et des buttes calcaires témoins de la vallée et ne supportent aucune fertilisation. Parmi les plantes remarquables, figurent la pulsatille commune, l'oeillet de bois, la gentiane printanière et l'aspérule des teinturiers, espèces protégées en Franche-Comté. Ces pelouses sont généralement pâturées et piquetées d'arbustes thermophiles*.
- des pelouses mésophiles acidiclines* à sieglingie (Sieglingio - Brachypodietum) liées à des sols plus épais et légèrement acidifiés en surface. Le maintien d'un pâturage extensif et l'absence de fertilisation sont les garanties de la préservation de ce milieu dominé par le brachypode et piqueté d'arbustes mésophiles*.
- des pelouses marnicoles plus ou moins hygrophiles (Plantagini serpentinae - Tetragonolobetum) recelant souvent de nombreuses espèces d'orchidées. La présence temporaire de l'eau permet la cohabitation des espèces mésophiles à mésoxérophiles* de pelouse avec des éléments hygrophiles de prairies humides à molinie ou de bas marais alcalins, occasionnant ainsi une grande diversité floristique sur de faibles surfaces.
Les pelouses mésophiles localisées sur Valentenouze à Champagnole sont parmi les plus remarquables de la vallée de l'Ain. Les pelouses sèche du site de Valentenouze présente un intérêt floristique certain, au sein du cortège d'espèces adaptées à la sécheresse du milieu, on relève la présence de la Laîche humble, de l'Ail de smontagnes, de l'Anémone pulsatille, des Orchis moucheron et pyramidal, ainsi qu'une autre Orchidée bénéficiant d'une protection intégrale en Franche-Comté : l'Ophrys mouche.
Les formations humides occupent de petites dépressions morainiques imperméables d'origine fluvio-glaciaire et comptent quelques associations végétales typiquement articulées.
Le bas-marais alcalin à choin est limité à l'extérieur par la moliniaie (prairie à molinie), développée sur des sols paratourbeux mésotrophes* à assèchement estival en surface et enfin, par les prairies mésohygrophiles* à mésophiles*, sur sols drainés non tourbeux. Ces bas-marais, abritent une flore particulièrement riche et caractéristique des zones marécageuses de moyenne altitude : choins ferrugineux et noir, parnassie des marais, laser de Prusse, gentiane pneumonanthe...
Ces pelouses et bas marais abritent un riche cortège d'insectes à forte valeur patrimoniale comme la mélibe, l'azuré des paluds, papillons tous protégés au niveau national.
La vallée de l'Angillon se caractérise par de superbes ripisylves où les gradients forestiers sont bien typés : saulaies diverses en ceintures disjointes et terrasses embryonnaires colonisées par une forêt de bois dur à tilleul à feuilles cordées (Carici-Tilietum).
La qualité de l'eau de l'Ain reste généralement satisfaisante sur la majeure partie de son cours. La situation est en revanche plus préoccupante sur certains sous-bassins affluents. Ainsi, la Serpentine et plusieurs affluents subissent une pollution importante d'origine domestique, associée à celle des activités agro-alimentaires traditionnelles encore nombreuses dans ce secteur, alors que le déficit en dispositifs d'épuration est flagrant. La situation est sensiblement identique sur le bassin de l'Angillon où aucune agglomération riveraine n'est dotée de véritables systèmes de traitement des eaux usées.
Outre une pollution de la rivière par les effluents des villages situés en amont, la vallée de l'Anguillon souffre d'une dégradation des ripisylves : agriculture et élevage réduit les forêts initiales à des minces groupements linéaire. Afin de conserver à la zone sa richesse végétale, il est souhaitable d'éviter des transformations sylvicoles dans la partie aval de la vallée de l'Anguillon encore intacte.
OBJECTIFS ET MOYENS DE PRESERVATION ET DE GESTION
Les objectifs de gestion et les moyens de préservation découlent de la sensibilité particulière des milieux naturels et des atteintes observée ; les moyens permettant de les atteindre devront faire l'objet d'une définition au niveau local.
Les modifications agro-pastorales (amendement, drainage, assainissement...), les abandons d'usage (pâturage, fauche...) et la destruction des sites menacent l'ensemble des milieux secs et humides remarquables. Dans ce contexte, les mesures agri-environnement qui se mettent en place doivent permettre d'assurer leur maintien grâce à des pratiques de gestion extensive (fertilisation limitée, contrôle de l'enfrichement, pratiques agricoles adaptées). Elles pourront être complétées par des interventions conservatoires dans les secteurs où les pratiques agricoles se révèlent inadaptées ou insuffisantes.
Pour maintenir, et restaurer les qualités physico-chimique et biologique des cours d'eau, une gestion rigoureuse des rejets d'eaux usées domestiques des agglomérations et des effluents d'élevage doit être mise en place.
Afin de conserver à la zone sa richesse végétale, il est souhaitable d'éviter des transformations sylvicoles dans la partie aval de la vallée de l'Anguillon encore intacte.
