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L’aire géographique couverte par le Parc naturel régional du Haut-Jura compte de nombreuses grottes, la plupart d’un accès difficile, voire dangereux, pour le simple promeneur. Peu accueillent des chiroptères, les principales étant la grotte du Frênois (St-Claude), celle de la Pontoise (Villard-sur-Bienne), celle de Buclans (Lavans-les-St-Claude) et celle des Moulins de Montepile (Septmoncel). Elles constituent les sites haut-jurassiens les plus importantes en diversité spécifique ou nombre d’individus. Au niveau franc-comtois, ces grottes reste néanmoins d’un intérêt limité comparativement à d’autres situées en Haute-Saône ou dans le Doubs.
Parmi les grottes haut-jurassiennes intéressantes pour les chauves-souris, celle des Moulins de Montepile figure en bonne place. Sa vocation est double : tout d’abord il s’agit d’un site d’hivernage pour une dizaine dindividus de 5 espèces de chauves-souris. Ensuite, c’est un lieu de transit du minioptère de Schreibers (environ 50 individus) entre ses sites de reproduction de Rhône-Alpes et le site de reproduction de Haute-Saône. Le secteur fréquenté par les chauves-souris se situe à 40-50 m de l’entrée supérieure, dans une grande salle. Les effectifs de minioptère qui restent toujours faible (de l’ordre d’une vingtaine d’individus au maximum) se sont réduits au cours des dernières années en relation avec l'importante mortalité constatée en Europe de l'ouest en 2002.
DEGRADATION ET MENACES
Les principaux dangers qui menacent les habitats souterrains sont : la surfréquentation (générant piétinement, accumulation de déchets divers, nuisances sonores), le vandalisme et la pollution chimique.
La grotte de Montepile fut autrefois une zone de transit beaucoup plus importante pour le minioptère. Dans les années 1960, plus de 200 individus furent parfois dénombrés. Site de spéléologie réputé et apprécié, la grotte des Moulins de Montepile souffre actuellement d’une fréquentation par les spéléologistes assez diffuse mais régulière tout au long de l’année, responsable de la perte d’une partie de son intérêt faunistique.
OBJECTIFS DE PRESERVATION ET DE GESTION A PROMOUVOIR
Les objectifs de gestion et les moyens de préservation découlent de la sensibilité particulière des milieux naturels et des atteintes observées.
- Veiller à la tranquillité absolue des chiroptères en période d’hivernage. A cette période en effet, les dérangements sont très préjudiciables, souvent mortels. Pour cela il serait judicieux d’installer à l’entrée de la grotte un panneau d’information indiquant aux spéléologistes la conduite à tenir fin de minimiser les dérangements : silence absolu sous la colonie, pas d’éclairements des animaux avec des lumières de type acéthylène.
- Une préservation de la grotte par classement en arrêté préfectoral de protection de biotope permettrait d’assurer une protection efficace du site, et serait le plus sûr moyen de lui faire retrouver sa richesse d’antan. La mairie de Septmoncel est d’accord pour le classement (principalement pour des raisons de sécurité, la mairie étant responsable en cas d’accident corporel).
