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DESCRIPTION
En aval d'Arc-et-Senans et de Cramans, l'élargissement du lit majeur marque le début de la basse vallée de la Loue. La rivière présente encore un tracé sinueux et de nombreuses annexes hydrauliques. Toutefois, la chenalisation et l'endiguement massif subis jusque dans les années 1970 ont largement favorisé la simplification de la mosaïque fluviale (perte de quatre kilomètres de linéaire, déconnection de soixante bras secondaires et enrochement de 94 % des berges). L’accélération de la circulation de l’eau a provoqué une incision du lit de l’ordre d’un à deux mètres et un abaissement de la nappe alluviale. Depuis lors, les annexes hydrauliques se trouvent perchées et subissent un atterrissement accéléré.
Malgré ces profonds bouleversements, la Loue présente encore une remarquable diversité d'habitats entre Chamblay et Ounans : les groupements aquatiques, amphibies et rivulaires sont développés au sein des îles, des grèves et des eaux vives, mais surtout dans les vastes complexes impénétrables qui persistent sur une partie de son lit majeur. De nombreux groupements des eaux claires et propres sont recensés : communautés à hottonie des marais (plante protégée dans la région) et à myriophylle verticillé, voiles de lentille d’eau à trois lobes et groupements à ache nodiflore, ainsi que des tapis de characées (algues vertes évoluées). Parmi les autres plantes intéressantes, il faut citer le butome en ombelle (également protégé) et le potamot à feuilles étroites (dont c’est l’unique station en plaine en Franche-Comté). En dépit de leur typicité et de leur très bonne représentation sur la basse vallée de la Loue, la plupart des groupements végétaux intéressants demeurent fragiles. L'atterrissement des annexes isolées du cours actuel constitue une menace à moyen terme pour la conservation de toutes les communautés des eaux stagnantes du secteur. Il faut souligner que la fonctionnalité optimale des mosaïques de milieux qui font la richesse de ce territoire s'exprime essentiellement dans les grands complexes composés de prairies de fauche et de pâtures. Ces secteurs marqués par une micro-topographie résultant de la dynamique fluviale passée sont particulièrement riches sur le plan de la diversité et la fréquence des espèces remarquables y est élevée.
La basse vallée de la Loue constitue néanmoins un territoire propice à la colonisation par des végétaux invasifs, du fait de l'intensité des perturbations naturelles (crues décapantes) et artificielles (déplacements massifs de matériaux alluvionnaires lors des aménagements). Les espèces les plus problématiques sont l’élodée du Canada dans les eaux stagnantes, la renouée du Japon, le topinambour et la balsamine de l’Himalaya dans les mégaphorbiaies, ou encore l’érable negundo dans les saulaies.
L’intérêt piscicole est marqué par la présence d’espèces indicatrices d’eaux de bonne qualité : lamproie de Planer, chabot, bouvière et blageon.
STATUT DE PROTECTION
Aucune protection réglementaire de l’espace n’a été mise en place. En revanche, la présence d’espèces protégées confère indirectement un statut de protection au milieu : la législation interdit en effet de porter atteinte aux espèces et aux milieux qui les supportent (arrêtés ministériels des 8/12/88 et 22/06/92).
OBJECTIFS DE PRESERVATION
Les habitats existants demeurant fragiles, leur préservation passe par différentes mesures : outre une amélioration de la qualité et du volume de la ressource en eau, il convient d’abandonner la conversion de forêts alluviales en peupleraies, le remblaiement de mortes et de remettre en cause l'intensification agricole de certains secteurs tout en rétablissant des pratiques extensives sur d'autres sites. En parallèle, la restauration d’une dynamique alluviale active, impliquant une reprise de l'action érosive de la Loue, est essentielle pour entretenir les milieux actuels et en créer de nouveaux. Enfin, il convient d’instaurer une veille sur les espèces invasives, afin que les habitats générés ne soient pas rapidement envahis par ces néophytes.
Prospection 2018 :
A l’analyse de la flore, on constate une nette régression des habitats les plus humides. On assiste à un atterrissement et un assèchement des mortes et par voie de conséquence, une baisse importante de la biodiversité, même si certaines espèces patrimoniales subsistent.
Le butome en ombelle (Butomus umbellatus) n’a pas été revu en 2018 malgré une recherche très attentive. Il semble que cette espèce aie tout bonnement disparu de l’ensemble des mortes prospectées dans ce secteur de la Loue.
L’hottonie des marais (Hottonia palustris) a été revue « devant Fontenoy », au niveau d’une mare atterrie, où elle forme une belle population.
L’orpin rougeâtre (Sedum rubens) se développe le long des accotements routiers, notamment près du pont de Chamblay. La lentille à trois lobes (Lemna trisulca) n’a pas été revue en 2018, ainsi que le pâturin des marais (Poa palustris).Le potamot de Ziz (Potamogeton X zizii) n’a pas été vu en 2018.
Deux bryophytes patrimoniales sont régulièrement présentes sur le tronc des saules en situation bien inondable : il s’agit de Cryphaea heteromalla et d’Orthotrichum pulchellum.
Le bugle petit-pin (Ajuga chamaepytis) a été vu à l’est de « la Morte Foisse ». Le potamot luisant (Potamogeton lucens), le potamot à feuilles perfoliées (Potamogeton perfoliatus) et la myriophylle verticillée (Myriophyllum verticillatum) n’ont pas été vus en 2018.
Pour cette morte en particulier, trois individus de cuivré des marais (Lycaena dispar) ont été observés à l’est de la zone, au niveau de prairies hygrophiles et à proximité de belles prairies mésoeutrophes qui constituent des lieux d’alimentation importants pour les papillons et le cuivré des marais en particulier.
