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Cette ZNIEFF de type II correspond au Marais poitevin, associé aux milieux palustres, vasières, espaces sableux littoraux, et affleurements calcaires qui constituent une mosaïque d'habitats remarquables où se développent de vastes cortèges floristiques et faunistiques.
Parmi les principaux groupes d'habitats remarquables figurent les prairies naturelles pâturées à caractère extensif (avec des gradients de salinité selon la localisation), les milieux littoraux avec estuaires, la baie, les vasières et pré-salés et les milieux dunaires. Des habitats plus réduits contribuent à la forte biodiversité de cet ensemble: roselières, boisements humides et coteaux calcaires xéro-thermophiles. Enfin, le Marais Poitevin s'identifie par ses habitats aquatiques, lien et unité fonctionnelle de l'ensemble de cette région naturelle: rivières, canaux, réseau de fossés, mares...
La flore du Marais poitevin est remarquable par la diversité des groupements et la présence de nombreuses plantes rares voire protégées, avec souvent des populations importantes (Renoncule à feuilles d'ophioglosse, Iris bâtard...). Parmi ces plantes, il faut souligner la présence de plusieurs stations de Fougère d'eau à quatre feuilles(Marsilea quadrifolia), de Salicaire à trois bractées (Lithrum tribracteatum), de Silène de Thore, l'Euphraise de Jaubert...
Sur le plan ornithologique, ce vaste complexe de zones humides avec ses milieux dunaires et côtiers complémentaires acceuille tout au long de l'année un très grand nombre d'espèces sédentaires ou migratrices. L'avifaune trouve ici, les ressources alimentaires, les habitats de reproduction ou les sites de haltes migratoires indispensables à son cycle biologique. Cette zone est exceptionnelle de par la diversité, la valeur patrimoniale des espèces reproductrices et les effectifs d'oiseaux présents lors des haltes migratoires ainsi que par l'importance des rassemblements hivernaux.
On compte environ 120 espèces nicheuses. La nidification est d'intérêt national ou européen pour les Ardéidés (dont le Héron pourpré), les Anatidés (en particulier pour la Sarcelle d'été), les Rapaces (Busard cendré, Hibou des marais...), les Limicoles (Barges à queue noire, Chevalier gambette..), pour les Sternidés (Guifette noire), les passereaux (Gorge bleue à miroir, Pie-grièche écorcheur, Pipit rousseline...).
Le Marais poitevin est une des premières zones françaises de halte migratoire et d'hivernage des oiseaux d'eau : effectifs très élevés pour la Sarcelle d'hivers, le Canard siffleur, le Canard pilet, la Macreuse noire, le Tadorne de Belon ou encore l'Oie cendrée. Il en est de même pour les limicoles fréquentant les vasières littorales (les bécasseaux, le Grand gravelot , l'Avocette élégante) et les prairies et cultures (Barge à queue noire, le Courlis corlieu, Vanneau huppé, Pluvier doré et Bécassine des marais). Une multitude de limicoles moins grégaires exploitent les vasières et plans d'eau du marais avec des effectifs globaux significatifs (Chevalier sylvain, Chevalier arlequin, Bécasseau minute, Bécasseau de Temminck…). Les grands échassiers utilisent également le marais en halte migratoire (Spatule blanche, Cigogne noir, Grande aigrette, Grue cendrée, Butor étoilé). Le site est également d'intérêt national pour les rapaces en migration ou hivernage (Hibou des marais, Balbuzard pêcheur, Faucon pèlerin, Busards..) et les Laridés (Sterne caugek, artique et naine, Guifette noire...).
L'importance pour les amphibiens est notable notamment pour les Tritons crêté et marbré, le Pélobate cultripède, le Pélodyte ponctué.
Pour les mammifères, la Loutre d'Europe est encore bien présente et exploite l'ensemble des milieux du marais mouillé à la Baie de l'Aiguillon. La Genette et la Musaraigne aquatique présentent également un intérêt patrimonial.
Au niveau des poissons, malgré la présence d'espèces exotiques introduites, la zone présente un intérêt certain avec la présence du Brochet ou de l'Anguille ainsi que des espèces migratrices plus rares (Lamproie marine, la Grande alose, la Lamproie de planer et la Lamproie de rivière). La Baie de l'Aiguillon et l'Estuaire du Lay sont des zones de reproduction et d'alimentation essentiels pour les poissons côtiers.
Les invertébrés sont mal connus toutefois au niveau entomologique, quelques espèces remarquables ont été identifiées comme l'Azuré du serpolet, le Cuivré des marais, la Rosalie des Alpes.
La forte régression des prairies humides naturelles au profit des céréales, les assèchements et drainages ont considérablement affecté les effectifs nicheurs, migrateurs ou hivernants de nombreuses espèces d'oiseaux depuis les années 1960. Malgré cela, cette zone conserve une importance internationale pour de nombreuses espèces migratrices.
Cette zone de type II comprend une grande partie du Marais-Poitevin partie Vendée au sens de la zone humide, sur la base de la fonctionnalité hydraulique de cette région naturelle, de la nature du sol, et de la présence de cortèges faunistiques et floristiques caractéristiques des marais martimes du Centre-Ouest de la France.
Sont associées les habitats littoraux de vasières, estuaires et massifs dunaires constitutifs du Marais-Poitevin ainsi que les coteaux calcaires inclus dans cet ensemble ou entretenants de fortes relations environnementales avec celui-ci. Sont exclus en raison de leur forte dénaturation les zones urbanisées, ainsi que des zones de cultures ne présentant plus de composantes permettant de contribuer à la fonctionnalité des écosystèmes qui composent cet ensemble , notament pour des espèces à grand domaine vital, comme la Loutre d'Europe qui utilisent le réseau hydrographique et de canaux lors de ses déplacements ou comme zone trophique. Le réseau hydraulique de canaux est fondammental dans la fonctionnalité des milieux . Il est constitué d'un réseau primaire des cours d'eaux alimentant le Marais le Lay, la Sèvre Niortaise..), des grands canaux évacuateurs et d'un réseau tertiaire constitué d'un chevelus de fossés vital pour de nombreuses espèces liées au milieux aquatiques en particulier la Loutre d'europe, mais aussi de nombreuses espèces d' oiseaux, amphibiens et invertébrés aquatiques. Celui-ci, ainsi que des mares éparses persiste dans des zones à forte dominante de cultures qui ont été incluses à ce titre dans la zone de type 2. La forêt de Longeville et la côte rocheuse de Jard et Longeville constituent deux types 2 à part entière distincte de cette zone. Des parties marines, comme la baie de l'Aiguillon, liées à l'exploitation par l'avifaune migratrice, aient été incluses en cohérence avec la ZICO. Un rapport réalisé pour la DIREN en Nov. 2000 et une note visée en bibliographie "Intérêt biologique des zones proposées à l'intégration dans la ZNIEFF de type 2 -Marais-poitevin partie Vendée" - Alain THOMAS Nov.2003" précisent l'intérêt d'une zone de type 2.
