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La ZNIEFF de l'Anse de Guissény est située sur la ria du ruisseau côtier le Quillimadec.
Après la traversée d'une zone à phragmites sur l'amont de la départementale D 10, le ruisseau traverse un secteur de schorre et haute slikke atlantique qui se développe en fond de ria sur environ 18 hectares, et plus particulièrement en rive gauche sur Kerlouan autour d'une "îlot" terrestre face à la ville de Guissény, et apparaissant enclavé dans le pré-salé.
L'amont du pré-salé est herbeux à dominante de chiendent littoral, jonc et scirpe marin, et est traversé par deux profonds chenaux bordés de vases. Le pré-salé à obione se tient le long des rives et atteint son plein développement autour de l'îlot partiellement cultivé, à l'Ouest de Kermarguel ; il est très typique et assez diversifiée floristiquement. Le statice commun (Limonium vulgare) y a quelques stations et doit absolument être respecté : son prélèvement est interdit dans le département du Finistère par l'arrêté préfectoral du 27 juin 1991 (comme tous les statices). Des unités à salicornes plus ou moins larges s'étendent le long du chenal estuarien.
Des dunes, parfois perchées ou remontant en haut de falaise, sont présentes dans beaucoup de rentrants de la côte Sud sur Guissény ainsi qu'au niveau de Roc'h Cleguer et Lerret sur Kerlouan. Les éléments de dune sont le plus souvent fixés, ou rendus mobiles (zone à oyat) par l'érosion naturelle ou provoquée et sont alors fragiles du fait de leur faible extension et de leur déclivité. La végétation du trait côtier en falaise basse à moyenne est également déterminante pour la zone (végétation des fissures de rochers et éléments de pelouses aérohalines).
Une plante protégée au plan régional est régulièrement rencontrée sur toute la côte : le chardon bleu (Eryngium maritimum). Une plante peu commune, le géranium sanguin (Geranium sanguineum) est assez abondante sur la côte Sud de l'anse.
C'est une zone d'hivernage intéressante pour les oiseaux, notamment pour au moins 5 échassiers de rivage déterminants pour cette ZNIEFF compte tenu des effectifs régulièrement comptés sur l'ensemble des anses de Guissény et du Curnic tout proche (source n° 52, 53 et 55) : le Tournepierre à collier, le Bécasseau sanderling, le Grand Gravelot, la Barge à queue noire et le Chevalier gambette (comptages enregistrés depuis l'année 2000). Les effectifs hivernaux du Canard siffleur sur la zone ont atteint également 1% de la population française en 2002, 2005 et 2006.
Autres espèces présentes sur le site:
AIRA CARYOPHYLLEA
AGROSTIS STOLONIFERA
ALYSSUM MARITIMUM
AMMOPHILA ARENARIA
ANTHYLLIS VULNERARIA
ARMERIA MARITIMA
ARCTIUM MINUS
ASTER TRIPOLIUM
ATRIPLEX HASTATA
ATRIPLEX LACINIATA
BETA VULGARIS subsp. MARITIMA
BROMUS HORDEACEUS S.L.
CAKILE MARITIMA
CAREX ARENARIA
CAREX EXTENSA
CALYSTEGIA SOLDANELLA
CENTAURIUM ERYTHREA
CIRSIUM ARVENSE
COCHLEARIA ANGLICA
COCHLEARIA DANICA
CONVOLVULUS ARVENSIS
CREPIS CAPILLARIS
DACTYLIS GLOMERATA
DAUCUS CAROTA
DESMAZERIA MARINA
ELYMUS FARCTUS
ELYMUS PYCNANTHUS
ELYMUS REPENS
ERODIUM CICUTARIUM
ERYNGIUM CAMPESTRE
EUPHORBIA PORTLANDICA
FESTUCA RUBRA subsp. LITTORALIS
FOENICULUM VULGARE
FRANKENIA LAEVIS
GALIUM ARENARIUM
GERANIUM ROBERTIANUM
GERANIUM SANGUINEUM
GLAUX MARITIMA
GNAPHALIUM UNDULATUM
HALIMIONE PORTULACOIDES
HIERACIUM PILOSELLA
HOLCUS LANATUS
HONCKENIA PEPLOIDES
IRIS FOETIDISSIMA
JUNCUS ACUTUS
JUNCUS GERARDI
JUNCUS MARITIMUS
LATHYRUS LATIFOLIUS
LAGURUS OVATUS
LAVATERA ARBOREA
LEONTODON TARAXACOIDES
LEUCANTHEMUM VULGARE
LINARIA VULGARIS
LOTUS CORNICULATUS
MALVA MOSCHATA
MATRICARIA MARITIMA subsp. MARITIMA
MEDICAGO SATIVA
ORIGANUM VULGARE
PARAPHOLIS STRIGOSA
PARIETARIA DIFFUSA
PHLEUM ARENARIUM
PHRAGMITES AUSTRALIS
PLANTAGO CORONOPUS
PLANTAGO LANCEOLATA
PLANTAGO MAJOR subsp. INTERMEDIA
PLANTAGO MARITIMA
POTENTILLA ANSERINA
POTENTILLA REPTANS
PRUNUS SPINOSA
PUCCINELIA MARITIMA
PULICARIA DYSENTERICA
RESEDA LUTEOLA
ROSA PIMPINELLIFOLIA
RUBIA PEREGRINA
RUBUS FRUTICOSUS
SAGINA MARITIMA
SALICORNIA DISARTICULATA
SALICORNIA OBSCURA
SALICORNIA RAMOSSISSIMA
SAMBUCUS NIGRA
SANGUISORBA MINOR
SCIRPUS MARITIMUS
SCIRPUS LACUSTRIS subsp. TABERNAEMONTANI
SEDUM ACRE
SEDUM ANGLICUM
SENECIO JACOBAEA
SENECIO VULGARIS
SONCHUS ARVENSIS
SONCHUS OLERACEUS
SPERGULARIA MARINA
SPERGULARIA MEDIA
SUAEDA MARITIMA
TRIGLOCHIN MARITIMA
ULEX EUROPAEUS
UMBILICUS RUPESTRIS
EQUISETUM ARVENSE
PTERIDIUM AQUILINUM
FUCUS CERANOIDES
VAUCHERIA SP
ALCA TORDA
ALCEDO ATTHIS
ANAS AMERICANA
ANAS CLYPEATA
ANAS CRECCA
ANAS PENELOPE
ANAS PLATYRHYNCHOS
ANAS STREPERA
ANSER ANSER
ARDEA CINEREA
AYTHYA FERINA
AYTHYA FULIGULA
AYTHYA MARILA
BRANTA BERNICLA
BUCEPHALA CLANGULA
CALIDRIS ALPINA
CALIDRIS CANUTUS
CALIDRIS FERRUGINEA
CALIDRIS MARITIMA
CALIDRIS MELANOTOS
CALIDRIS MINUTA
CHARADRIUS ALEXANDRINUS
CISTICOLA JUNCIDIS
CYGNUS CYGNUS
CYGNUS OLOR
EGRETTA GARZETTA
FULICA ATRA
GALLINAGO GALLINAGO
GALLINULA CHLOROPUS
GAVIA ARCTICA
GAVIA IMMER
HAEMATOPUS OSTRALEGUS
LARUS ARGENTATUS
LARUS CANUS
LARUS FUSCUS
LARUS MARINUS
LARUS MELANOCEPHALUS
LARUS RIDIBUNDUS
LIMOSA LIMOSA ISLANDICA
MOTACILLA CINEREA
NUMENIUS ARQUATA
NUMENIUS PHAEOPUS
PASSER MONTANUS
PHALACROCORAX ARISTOTELIS
PHALACROCORAX CARBO
PHALAROPUS FULICARIUS
PHOENICURUS OCHRUROS
PHILOMACHUS PUGNAX
PLATALEA LEUCORODIA
PLUVIALIS APRICARIA
PLUVIALIS DOMINICA
PLUVIALIS SQUATAROLA
PODICEPS CRISTATUS
RALLUS AQUATICUS
RISSA TRIDACTYLA
STERNA ALBIFRONS
STERNA HIRUNDO
STERNA SANDVICENSIS
TACHYBAPTUS RUFICOLLIS
TADORNA TADORNA
TRINGA ERYTHROPUS
TRINGA HYPOLEUCOS
TRINGA NEBULARIA
TRINGA OCHROPUS
URIA AALGE
VANELLUS VANELLUS
Le périmètre de la ZNIEFF de l'Anse de Guissény a été affiné pour une meilleure prise en compte des habitats côtiers terrestres intéressants. Un secteur de pré-salé de part et d'autre de la digue proche de Kermarguel sur Kerlouan est intégré à la zone. Malgré une urbanisation parfois excessivement proche du trait côtier, aucune maison d'habitation n'est incluse dans le périmètre.
