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Descriptif synthétique : île principale d'un petit archipel littoral relié à la côte lors des basses mers (estran rocheux et sablo-vaseux de l'entrée de l'estuaire du Jaudy). Série d'îlots granitiques reliés entre eux par des cordons de sable ou de galets (intérêt géomorphologique très important).
Habitats principaux : concentration, sur une faible surface, d'habitats extrêmement variés : galets (peu ou très ensablés), dunes, fourrés arrière dunaires à troène, landes abritées, landes rases, pelouses aéro-halines, rochers exposés, rochers abrités avec draperies de lierre, bosquets de sureau, pâtures, ptéridaies, friches thermophiles, pelouses humides, petit marais sub-halin, marais maritime, étang salé à Ruppia maritima.
Espèces remarquables - Flore : présence de trois plantes protégées : deux au plan national : le chou marin (Crambe maritima) dont la population est exceptionnelle sur l’île par son abondance, et la fougère trichomanès élégant (Trichomanes speciosum) d’intérêt communautaire, présente uniquement sous sa forme de prothalle dans une anfractuosité de chaos rocheux en bord de mer ; une troisième plante protégée en Bretagne est signalée : l’eufragie à feuilles larges (Parentucellia latifolia) (source n° 55). Plusieurs autres plantes rares pour la région ont été repérées dont la bugrane renversée (très rares stations en Côtes d'Armor). L’Ophioglosse des Açores (Ophioglossum azoricum) protégé en France, et dont l’île d’Er est l’unique localité connue en Côtes d'Armor, n’a pas été revu ces dernières années (source n° 59).
- Faune : dans le cadre du programme Life « Archipels et Ilots Marins de Bretagne » (1999-2002) et lors du recensement de l’année 2000, 8 sites de reproduction du Grand gravelot ont été détectés sur la grande île ; en 2006 l’ensemble de l'archipel de l'île d'Er abritait encore 6 à 10 couples (source n° 60). L’île d’Er a offert le premier cas de nidification de l'Aigrette garzette en Côtes d'Armor (source n° 54).
Un plan de gestion agro-pastorale pour l’Ile d’Er à Plougrescant a été proposé dans le programme Life.
Conditions actuelles de conservation : la Petite île et la Grande île sont en Site classé, et sont comme l’ensemble de l’archipel en Zone Spéciale de Conservation (site Natura 2000 : Côte de Trestel à Paimpol, Estuaires du Trieux et du Jaudy). L’éloignement de la côte (bien qu’accessible à pied aux mares basses de vives eaux) et le caractère privé de l’île sont des points assez favorables à la préservation des habitats naturels. Mais la fermeture du milieu reste un problème pour certains habitats et stations de plantes remarquables.
Trois fosses sur la côte Nord de l’île contiennent des déchets pétroliers issus du nettoyage de la côte après la marée noire de l’Amoco Cadiz en 1978.
