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L'île de Houat est indissociable de l'île d'Hoëdic. Ces deux îles, par leur intérêt floristique et avifaunistique notamment, font l'objet de divers classements : Zone de Protection Spéciale et Zone Spéciale de Conservation (îles de Houat-Hoedic), site classé (archipel d'Houat), site inscrit (Deux-îles) et d'Arrêtés Préfectoraux de Protection de Biotope (île Guric, Suniz et Er Yoc'h). La diversité de l'avifaune est exceptionnelle et largement sous-estimée dans les inventaires disponibles. Les espèces migratrices et occasionnelles font de ce site, un lieu incontournable pour les ornithologues, notamment en période de migration post-nuptiale. 3 espèces de lézards sont présents (Lézard des murailles, Lézard vert et Orvet) et les milieux patrimoniaux forment l'essentiel de l'île : côte rocheuse, dune grise, prés salés. La diversité floristique revèle la diversité des milieux et leur bon état de conservation : 390 espèces ont été relevées dont 33 espèces déterminantes. Citons notamment le Lys de mer (Pancratium maritimum), le Cynoglosse des dunes (Omphalodes littoralis) ou l'Ophioglosse du Potugal (Ophioglossum lusitanicum).
