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La zone humide des Mottes est alimentée par des sources diffuses, tourbeuses qui abritaient une végétation rare en plaine ainsi que des espèces très localisées en Poitou-Charentes : Grassette du Portugal, Linaigrette à feuilles étroites, Rhynchospore blanc etc. Aujourd'hui ces espèces semblent disparues mais les habitats patrimoniaux sont toujours présents (Étang aux eaux eutrophes, prairies humides acidiphiles à jonc acutiflore (Molinion), saulaie marécageuse... Ces habitats accueillent désormais des plantes inscrites sur la liste rouge de la flore du Poitou-Charentes (Thelypteris palustris, Simethis mattiazzii, Carex echinata, Stellaria alsine...).
L'étang principal et les prairies riveraines accueillent la Cistude d'Europe dont la reproduction a été prouvée sur le site. L'ambiance bocagère et les prairies pâturées apportent enfin une mosaïque d'habitats favorable à une grande diversité d'insectes parmi lesquels le Grand Capricorne occupe les plus vieux chênes, l'Agrion de Mercure fréquente le ruisseau de la Vergnade et l'étang est favorable à Erythromma najas et à diverses espèces d'amphibiens. Les pariries sont utilisées par le cortège des Orthoptères hygrophiles dont le Criquet ensanglanté et le rare Conocéphale des roseaux. Le site abrite également une avifaune patrimoniale d'intérêt, notamment en période de reproduction. Les secteurs bocagers sont attractifs pour de nombreux passereaux comme l'Alouette lulu ou encore la Pie-grièche écorcheur, tandis que l'étang accueille régulièrement des fuligules milouins et autres oiseaux d'eau. La proximité avec l'étang de Beaufour confère au site un intérêt particulier.
La ZNIEFF Zone humide des Mottes n°540004581 est une extension de la ZNIEFF de type 1 Les Bouillons et elle fusionne avec la ZNIEFF de type 1 La Font de la Fièvre n° 54004580. Cette dernière est donc supprimée et intégrée à la ZNIEFF Zone humide des Mottes.
La ZNIEFF Zone humide des Mottes englobe un secteur bocager préservé sur environ 70 ha comprenant des prairies humides et/ou pâturées, haies, étangs. Les prairies autrefois cultivées sont désormais entretenues par pâturage. Les boisements au sud-ouest ont été intégrés car ils participent à la fonctionnalité globale du bocage, abritent la source du ruisseau de la Vergnade, et constituent des habitats d'espèces patrimoniales.
Une zone bocagère existe également au nord est de ce périmètre, cependant, les parcelles sont plus "haut perchées" et le caractère humide n'y est pas observé. Par conséquent, elles ne sont pas intégrées au périmètre de la ZNIEFF.
