La vallée de l'Arnoult est depuis longtemps soumise à une agriculture maraîchère dont l'intensification récente a considérablement modifié la structure paysagère. L'arrivée de la maïsiculture à grande échelle l'altère davantage encore. Néanmoins, la rivière Arnoult présente encore des intérêts remarquables tels que la présence de plusieurs noyaux de peuplements de Cistude. Loutre et Vison d'Europe fréquentent encore la vallée comme en témoignent des captures récentes.
Quatre espèces de libellules remarquables fréquentent le cours d'eau et ses affluents.
Enfin, la vallée sert de site d'alimentation, voire de reproduction, à au moins 15 espèces de chauves-souris dont 13 déterminantes.
On peut noter aussi la présence de la Musaraigne aquatique et d'espèces d'oiseaux inféodés aux rivières et cours d'eau comme le Martin-pêcheur et la Bergeronnette des ruisseaux, qui se reproduisent localement.
Les contours de cette ZNIEFF ont été considérablement affinés et intègrent la totalité de la vallée de l'Arnoult, de l'amont à l'aval, ainsi que certaines zones de "marais" satellites. Les zones de cultures sont intégrées du fait de la présence dans les fossés d'espèces remarquables.