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Cette petite rivière accueille un intéressant cortège d'espèces aquatiques (loutre d'Europe, Vison d'Europe, Campagnol Amphibie, Agrion de Mercure, Martin pêcheur d'Europe…). Un tronçon important du linéaire du cours d'eau est boisé, permettant le maintien d'une population importante de Rosalie des Alpes ainsi que la nidification d'espèces comme le Milan noir, le Faucon hobereau ou le Torcol fourmilier. Bien qu'incomplets, les inventaires chiroptérologiques révèlent la présence d'espèces peu abondantes comme la Barbastelle. La fermeture du milieu nuit lourdement aux populations d'Odonates tels que l'Agrion de Mercure ou le Calopteryx rouge-queue, aujourd'hui fragmentées. Les ouvrages d'art coupant la rivière ne sont pas tous perméables pour la Loutre ou le Vison.
La ZNIEFF englobe l'intégralité de la rivière La Marguerite, de sa source principale, en amont du Moulin de Touron, à la limite départementale avec la Gironde. La ZNIEFF intègre par ailleurs une bande de 50 mètres de part et d'autre du cours d'eau incluant les habitats rivulaires et leur écotone avec les habitats mésophiles.
