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La bassin d'Arcachon est un site exceptionnel à plus d'un titre mais il est nécessaire de mettre en avant son rôle majeur pour l'avifaune en tant que halte migratoire, zone d'ihivernage ou zone de reproduction. Le peuplement présent remplit plusieurs des conditions indiquées dans la convention de RAMSAR et, à ce titre, le bassin d'Arcachon devrait être désignée comme zone humide d'importance internationale et bénéficier de démarches adaptées de préservation ou de protection.
Le bassin d'Arcachon, en raison de sa situtation géographique (axe migratoire majeur), de sa superficie et de la diversité de ses milieux, permet le stationnement de nombreuses espèces, avec des effectifs abondants, en migration et en hivernage.
La reproduction des espèces est globalement moins remarquables mais des espèces rares trouvent refuge dans les sites protégées durant cette phase critique de leur cycle biologique (parc ornithologique du Teich, domaine de Certes, réserve du banc d'Arguin).
Ce système lagunaire, alimenté en eau salée et en douce, est également colonisé par des milieux diversifiés, parfois rares, souvent fragiles, où peuvent se développer des plantes d'intérêt patrimonial élevé (herbiers à zostères, prés salés, grandes roselières, etc.).
L'interface entre milieu terrestre et milieu aquatique accueille également de nombreuses espèces animales, parfois rares et/ou menacées, appartenant à différents taxons (invertébrés, poissons, amphibiens, reptiles, mammifères). Notamment, le vison d'Europe fréquente le domaine de Certes, des dauphins pénètrent régulièrement dans le bassin, la cistude se reproduit sur plusieurs zones humides du pourtour du bassin, etc.
Les pressions humaines sur le site sont nombreuses et plus ou moins maîtrisées : urbanisation, activités de loisirs (principalement les activités nautiques), la chasse, la pêche (professionnelle), l'ostriculture, etc. Les principales évolutions négatives notées depuis la création de la ZNIEFF sont la régression des prés salés (aménagements portuaires), le développement de l'ostréiculture et du tourisme nautique sur le banc d'Arguin et le curage des chenaux pour maintenir les possibilités de cheminement des bateaux.
En termes d'évolutions "naturelles", plus ou moins influencées par les activités humaines, on note une progression des algues vertes et surtout la progression de la spartine de Townsend, qui appauvrit les prés salés.
Le bassin (limite des grandes marées) et zones humides associées, y compris les domaines endigués. Côté océan, inclut la zone des grands bancs de sable qui influencent la formation des passes.
