Le site des « marais de Lamothe-Timbergue » se situe au nord du département du Lot, sur la rive gauche de la rivière Dordogne, à proximité de la ville de Souillac, en partie sur le territoire de cette commune et sur celle de Lachapelle-Auzac. Il s’agit du regroupement d’un ensemble de marécages et de prairies humides situé sur la rivière Borrèze, mais également de zones de versant et sommitales. Ce site abrite un ensemble intéressant d’habitats et d’espèces déterminants caractéristiques des milieux humides alcalins en eau une grande partie de l’année, mais aussi des milieux secs.
Pour les habitats, on retiendra particulièrement la présence de tapis immergés de characées, de saussaies marécageuses à Saule cendré (Salix cinerea), de magnocariçaies (peuplements de grandes laîches) et de roselières basses, habitats assez localisés dans la région, et des pelouses sèches relevant du Mesobromion du Quercy sur les parties sommitales au sud-ouest de la zone.
Pour les espèces végétales, le principal intérêt réside dans la présence du Pigamon jaune (Thalictrum flavum) et de la Fougère des marais (Thelypteris palustris), espèces protégées et très rares sur l’ensemble de la région Midi-Pyrénées. La présence de la Véronique faux mouron d’eau (Veronica anagalloides) est également intéressante, car cette espèce est très localisée sur l’ensemble de la région. À noter aussi que la Grande Douve (Ranunculus lingua) serait à retrouver dans ces marais où elle fut récoltée, il y a près d’un siècle. Enfin, les pelouses sèches abritent la Fétuque châtain (Festuca paniculata subsp. spadicea), le Gaillet glauque (Galium glaucum) avec de fortes populations de cette plante qui est rare en Midi-Pyrénées, et la Renoncule à feuilles de graminée (Ranunculus gramineus).
Au niveau faunistique, ces marais sont également très riches en espèces déterminantes, notamment en oiseaux (Grèbe castagneux, Pic mar...), amphibiens (Rainette méridionale, Grenouille agile...), mais aussi en libellules avec l’Aeschne affine (Aeshna affinis) et la présence d’un papillon, le Cuivré des marais (Lycaena dispar). Sur les zones de pelouses, on retrouve le Nacré de la filipendule (Brenthis hecate) dont la plante hôte est la Filipendule commune (Filipendula vulgaris). Le Lot représente un foyer populationnel national important pour cette espèce de papillon qui reste rare et localisée en France.
Le site des « marais de Lamothe-Timbergue » regroupe un ensemble de marécages et de prairies humides situé au nord du village de Lamothe-Timbergue sur la rivière Borrèze. Cet ensemble est délimité d’une part par les versants boisés des collines environnantes, d’autre part par des habitats anthropisés ou artificialisés (centrale électrique, village, prairies artificielles...). Le versant boisé et les pelouses sommitales situées à l’ouest du marais font également partie du site. Ce périmètre correspond pratiquement à celui de l’espace naturel sensible du marais de Cléjoux-Lamothe.