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Situé sur les corniches du causse Noir, le site est composé pour l’essentiel de milieux forestiers. Sur la partie haute de ces versants, de nombreux affleurements rocheux, falaises et éboulis sont présents. Une grande partie de la ZNIEFF est classée en zone Natura 2000 au titre de la directive européenne « Habitats » (ZSC « Gorges de la Jonte » et ZSC « Causse Noir et ses corniches »), et au titre de la directive « Oiseaux » (ZPS « Gorges du Tarn et de la Jonte »).
Une grande partie du site est composée de forêts de conifères ou mixtes. Un de ces habitats est d’ailleurs déterminant : les forêts de pins sylvestres du Massif central. On y retrouve aussi des pelouses sèches, milieux typiques des causses, ainsi que de nombreuses falaises calcaires et des éboulis rocheux. Des milieux humides sont également présents, mais en superficie moindre. Deux habitats sont par ailleurs déterminants : il s’agit des prairies à Molinie sur calcaires et des sources d’eaux dures. La grande diversité de ces milieux permet la présence d’une faune et d’une flore très variées.
L’intérêt floristique des milieux rocheux et rocailleux (falaises, éboulis, dolomies...) est très important puisque de nombreuses espèces protégées y ont été recensées. Ainsi, une espèce protégée au niveau national est notée : l’Ancolie des causses (Aquilegia viscosa subsp. viscosa), taxon endémique des causses. En protection régionale, on retrouve pas moins de 11 espèces dont plusieurs endémiques des causses, d’Auvergne ou des Cévennes : la Sabline de Lozère (Arenaria ligericina), l’Armérie faux jonc (Armeria girardii), la Grande Uvette (Ephedra major subsp. major), la Gentiane de Coste (Gentiana clusii subsp. costei), la Globulaire à feuilles en cœur (Globularia cordifolia), l’Ibéris des rochers (Iberis saxatilis), la Marguerite vert-glauque (Leucanthemum subglaucum), la Grassette des causses (Pinguicula longifolia subsp. caussensis), la Potentille des Cévennes (Potentilla caulescens subsp. cebennensis), l’Anémone pulsatille rouge (Pulsatilla rubra subsp. rubra) et la Saxifrage des Cévennes (Saxifraga cebennensis). En dehors des espèces protégées, plusieurs autres taxons sont jugés très rares en Aveyron : le Cynoglosse de Dioscoride (Cynoglossum dioscoridis) et la Crapaudine à feuilles d’hysope (Sideritis hyssopifolia). À cette longue liste de plantes vasculaires, on peut aussi ajouter une espèce de lichen (Caloplaca ferrarii) qui a été recensée sur le site. Du point de vue avifaunistique, plusieurs espèces rupestres se reproduisent dans les falaises des corniches du causse Noir. On retrouve tout d’abord au moins deux couples de Faucon pèlerin qui s’y reproduisent ainsi que le Pigeon colombin. Le Vautour fauve, un rapace réintroduit dans les Grands Causses au début des années 1980, se reproduit également sur le site. Enfin, 2 espèces rupestres sont également régulièrement observées sur le site, mais leur reproduction n’y a pas encore été prouvée : il s’agit du Vautour percnoptère et du Grand-Duc d’Europe.
L’intérêt floristique des bois est important puisque plusieurs espèces protégées y ont été recensées : la Laîche blanche (Carex alba), la Racine de corail (Corallorrhiza corallorhiza), la Gesse blanchâtre (Lathyrus pannonicus subsp. asphodeloides) et l’Ophrys d’Aymonin (Ophrys aymoninii). Les deux premières recherchent les chênaies-hêtraies fraîches tandis que les deux autres recherchent principalement les bois clairs et les lisières. En dehors des espèces protégées, plusieurs autres taxons sont jugés rares à très rares en Aveyron : le Sapin pectiné (Abies alba), présent dans les forêts fraîches, la Doradille verte (Asplenium ramosum) ou encore la Grande Fétuque (Festuca altissima) que l’on trouve dans les sous-bois. Le Vautour moine se reproduit dans les milieux boisés. 2 espèces de champignons déterminants sont présentes dans les sous-bois de feuillus : le Cortinaire élégant (Cortinarius elegantissimus) et le Cystoderme cinabre (Cystoderma terreyi).
Les landes ouvertes sont l’habitat de la Coronelle girondine, une espèce peu commune dans le département, qui affectionne les terrains secs et chauds.
Le zonage prend en compte les corniches du causse Noir en rive droite des gorges de la Jonte, qui abritent une faune et une flore rares. La limite du site est donc fixée par la répartition des espèces de faune et de flore sur le site ainsi que par le relief.
