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L’ensemble des vallées au fond desquelles s’écoulent les divers cours d’eau du réseau se caractérisent par des bassins versants aux pentes très raides, ce qui a pour conséquence une très grande réactivité aux précipitations, un ensoleillement limité et une activité anthropique contrainte.
Ainsi, hormis les tronçons les plus en aval des cours d’eau du site, au bord desquels on peut rencontrer quelques champs de maïs, la grande majorité de la région n’est couverte que de forêts et de prairies.
L’état de conservation de l’ensemble est globalement satisfaisant.
Le site présente la particularité de rassembler sur un territoire homogène un ensemble de sous-réseaux à la fois distincts et très proches géographiquement, mais également assez denses.
C’est cette forte densité de sites favorables à l’Écrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes) qui en fait un de ses principaux intérêts. Cette espèce trouve réunies, sur la majeure partie du réseau, l’ensemble de ses exigences écologiques, à savoir l’ombrage, des températures fraîches, une eau de qualité, l’absence de compétition, un habitat diversifié et stable (des zones de débordement importantes limitent l’impact des crues).
Le Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus), aussi appelé « Rat trompette », est mentionné à plusieurs endroits du réseau. Ce petit mammifère endémique des Pyrénées et du quart nord-ouest de la péninsule Ibérique, au mode de vie semi-aquatique et au rythme d’activité essentiellement nocturne, est également un très bon indicateur de la qualité des cours d’eau.
On notera aussi la présence du Putois (Mustela putorius), de la Salamandre commune fastueuse (Salamandra salamandra fastuosa), du Chabot (Cottus sp.) et d’un cortège déterminant de poissons des ruisseaux et rivières de piémont qui comprend le Goujon (Gobio sp.), la Lamproie de Planer (Lampetra planeri), la Loche franche (Barbatula sp.) et le Vairon (Phoxinus phoxinus).
Cependant, le bon état de conservation du réseau est dépendant des activités humaines locales. En plus des étiages parfois prononcés, plusieurs pratiques peuvent avoir des conséquences néfastes sur les peuplements : l’utilisation de phytosanitaires, les prélèvements d’eau potable, les drainages de zones humides, ou encore la pratique de la submersion...
Le site du réseau hydrographique du Bénaquès est un site d’une surface importante qui concerne un ensemble conséquent de torrents, ruisseaux et ruisselets s’écoulant dans divers bassins versants (gave de Pau, Echez, Adour), mais appartenant à une même unité géomorphologique.
Les quatre unités composant cet ensemble hydrographique sont la partie amont de l’Echez et ses affluents, la partie amont du Neez et ses affluents, la Douloustre et ses affluents, et le ruisseau des Graves et ses affluents.
L’ensemble de ces cours d’eau est compact et homogène. Même sur des bassins différents, ils restent très proches.
Le fonctionnement de tous ces cours d’eau reste très semblable (régime torrentiel).
