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La ZNIEFF comprend une grande partie de la rivière du Viaur. Le Viaur est le bassin le moins étendu du département. Il prend sa source sur la commune de Vézins-de-Lévézou à 1 155 m d’altitude. Il traverse les terrains peu perméables du Lévézou et du Ségala, et reçoit les apports de nombreux affluents, souvent de faible dimension : le Vioulou, le Céor et le Lézert sont les principaux cours d’eau secondaires. Sur une partie de son cours, il fait office de limite départementale entre l’Aveyron et le Tarn. Outre la rivière en elle-même, la ZNIEFF englobe également la ripisylve (constituée notamment par une saulaie-aulnaie), des boisements riverains (majoritairement des chênes, des châtaigniers ainsi que des résineux parfois dégénérescents), des parcelles ouvertes telles que des prairies et des cultures, et enfin des zones rocheuses et des affleurements bordés de landes sèches. De par son côté sauvage et peu accessible, la majorité du site est peu fréquentée. Par ailleurs, une partie du zonage est classée en zone Natura 2000 au titre de la directive européenne « Habitats » (ZSC « Vallée du Tarn, de l’Aveyron, du Viaur, de l’Agout et du Gijou »).
La diversité des milieux sur la ZNIEFF permet la présence d’une faune et d’une flore variées. La rivière du Viaur est une zone favorable à la présence et à la reproduction de plusieurs espèces faunistiques inféodées aux milieux aquatiques (poissons, mammifères, crustacés et mollusques). Les forêts riveraines (principalement caducifoliées) et les zones rocheuses sont propices à la nidification de nombreuses espèces d’oiseaux peu communes dans le département. Elles permettent également la présence d’une flore caractéristique. Enfin, les milieux ouverts tels que les landes sèches permettent la reproduction du Busard Saint-Martin ainsi que la présence d’un reptile.
La rivière du Viaur accueille de nombreuses espèces de poissons dont deux sont jugées rares dans le département. D’une part, de nombreuses observations d’Anguille européenne (Anguilla anguilla) sont notées entre les années 1988 et 1995. Cette espèce est le seul grand migrateur amphihalin actuellement présent en Aveyron. Elle est notée principalement dans l’Aveyron, le Viaur en aval de Thuriès et le Lot ; d’autre part, le Toxostome (Chondrostoma toxostoma) a aussi été recensé entre les années 1985 et 2003. En 1999, un comptage attestait une densité de population de 725 individus à l’hectare sur la commune de Saint-Juliette-sur-Viaur. La Loutre d’Europe est présente sur tout le cours d’eau de manière fréquente comme l’indiquent de nombreuses observations d’épreintes au cours de l’année 2004. Côté invertébrés, une espèce de crustacé peu commune dans le département était notée entre les années 1980 et 1999. Il s’agit de l’Écrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes), une espèce autochtone encore présente sur l’Aubrac et le sud du département ainsi que dans quelques sanctuaires du Lévézou et du Ségala. Une espèce de mollusque a également été recensée au milieu des années 1970 : la Moule perlière d’eau douce (Margaritifera margaritifera margaritifera), mais aucune donnée récente n’est mentionnée depuis.
Plusieurs espèces d’oiseaux se reproduisent dans les milieux boisés de la ZNIEFF, comme par exemple le Circaète Jean-le-Blanc. On note également la présence régulière d’un couple de Milan royal, mais sa reproduction, bien qu’observée dans les années 1990, n’a pas été prouvée depuis. Enfin le Pic mar est mentionné comme nicheur probable sur le site. Le département de l’Aveyron est situé en limite de la zone de répartition de cette espèce. Outre l’intérêt faunistique de ce milieu, les forêts de feuillus accueillent également des espèces floristiques et mycologiques intéressantes. Une espèce protégée au niveau régional est recensée : la Sibthorpie d’Europe (Sibthorpia europaea), ainsi que deux espèces protégées au niveau départemental : l’Ail des bruyères (Allium ericetorum) que l’on ne trouve que dans le Ségala et le Lévézou, et la Raiponce de France (Lobelia urens). Des espèces jugées rares à très rares dans le département sont également recensées comme l’Asplénium de Billot (Asplenium obovatum subsp. billotii), la Laîche des ombrages (Carex umbrosa) ou encore le Chêne tauzin (Quercus pyrenaica), une espèce eu-atlantique en limite est de répartition. Le site présente aussi des populations remarquables d’Osmonde royale (Osmunda regalis), non déterminante pour le Massif central. Côté champignons, on note la présence entre autres de Cortinarus humicola, Cystoderma granulosum, Hygrophorus mesotephorus, Panellus ringens ou encore Strobilomyces strobilaceus.
Le milieu des zones rocheuses permet la reproduction du Faucon pèlerin. Un couple est présent sur le site depuis le début des années 1980, et s’y est reproduit jusqu’à aujourd’hui. Dans les rocailles et éboulis, deux espèces floristiques rares en Aveyron sont recensées : l’Orpin d’Angleterre (Sedum anglicum) et la Joubarbe à toile d’araignée (Sempervivum arachnoideum).
Pour ce qui est des milieux ouverts (landes), un couple de Busard Saint-Martin se reproduit sur le site. Ces milieux permettent aussi la présence de reptiles comme le Lézard catalan qui affectionne les terrains rocheux, secs et bien ensoleillés, à végétation éparse d’affinités méditerranéennes.
La ZNIEFF est composée de la rivière du Viaur (du barrage du réservoir de Pont-de-Salars jusqu’aux communes de Jouqueviel et La Salvetat-Peyralès) ainsi que des milieux qui bordent le cours d’eau (ripisylve, versants rocheux, milieux ouverts). Les limites du site sont fixées par la présence des espèces déterminantes et par l’agencement des habitats.
