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Ce secteur du Bugey correspond à une cluse profondément entaillée au sein d’un massif calcaire au fonctionnement karstique.
La section appelée « Cluse des Hôpitaux » sert de cadre à une série de lacs au niveau très variable. C’est une « vallée morte », uniquement parcourue partiellement par un maigre ruisseau, bien incapable de l’avoir creusée.
De telles vallées mortes peuvent avoir plusieurs origines (capture de cours d'eau, disparition de celui-ci dans un écoulement souterrain). La Cluse des Hôpitaux doit plus probablement son existence aux glaciations. Il faut y voir le lit d’un puissant émissaire sortant du front ou des rives d’un glacier alpin aujourd'hui retiré et auquel, pour des causes liées au relief, aucune rivière n'a succédé.
Bien qu’il coïncide avec un axe de circulation important (voie ferrée et RN 504), l’ensemble forme un complexe écologique particulièrement diversifié au sein duquel se côtoient falaises, vastes éboulis instables, habitats forestiers variés très influencés par l’exposition, zones humides et réseaux karstiques actifs ou fossiles.
Il convient entre autres de mentionner l'intérêt des nombreuses grottes et galeries du massif (favorables à plusieurs espèces de chiroptères), des formations végétales sèches très développées, avec des taillis denses de Buis et de Chêne pubescent favorable à un peuplement d'oiseaux original, tandis que falaises et éboulis rocheux abritent une faune et une flore rupicole spécifiques. Des stations botaniques telles que celles de la Laîche à bec court ou de Crépide rongée sont tout particulièrement à signaler.
L’entomofaune est également intéressante, et une espèce au moins est considérée comme spécifique au Bugey (le coléoptère Pterostichus nodicornis).
Enfin, le secteur abrite un karst de type jurassien. Ce type de karst se développe sur un substrat tabulaire ou plissé ; il est caractérisé par l’abondance des dolines, l’existence de vastes « poljé » dans les synclinaux, la formation de cluses, et le développement de vastes réseaux spéléologiques sub-horizontaux
Le peuplement faunistique du karst jurassien est relativement bien connu. Il apparaît néanmoins moins riche que celui du Vercors en espèces terrestres troglobies (c’est à dire vivant exclusivement dans les cavités souterraines).
Les secteurs biologiquement les plus remarquables (pelouses sèches, cours d’eau, zones humides…) sont identifiés ici à travers de nombreuses zones de type I. De plus, il est vraisemblable que l’intérêt du patrimoine biologique local soit sous-estimé, compte tenu d’une connaissance naturaliste incomplète. Il existe donc en dehors de ces zones de type I des indices forts de présences d’espèces ou d’habitats déterminants.
Le zonage de type II souligne tout d’abord les interactions multiples existant entre ces diverses zones, souvent constituées en véritable réseau (cas des zones humides, hydrauliquement inter-dépendantes…).
Il traduit également diverses fonctionnalités naturelles majeures, parmi lesquelles peuvent être citées :
- celle de bassin versant peu perturbé alimentant des réseaux karstiques, ces derniers abritant des populations d’espèces troglobies remarquables,
- en ce qui concerne le cours de l’Albarine, celle de corridor fluviatile pour la faune piscicole : le Schéma Directeur d’Aménagement et de gestion des Eaux du bassin Rhône-Méditerranée-Corse (SDAGE) préconise notamment le maintien d’une continuité Rhône-Ain-Suran-Albarine dans le cadre de la protection des biotopes à Ombre commun,
- de zone abritant des espèces remarquables exigeant de vastes territoires vitaux (Lynx d’Europe…),
- de zone de passages, d’alimentation et de reproduction pour de nombreuses espèces, notamment parmi les libellules –bien représentés ici-, les oiseaux et la grande faune …),
- en ce qui concerne les zones humides, celles de nature hydraulique (rôle dans l’expansion naturelle des crues, le ralentissement du ruissellement, le soutien naturel d’étiage, l’auto épuration des eaux).
S’agissant du milieu karstique, la sur-fréquentation des grottes, le vandalisme des concrétions peuvent de plus rendre le milieu inapte à la vie des espèces souterraines. Les aquifères souterrains sont sensibles aux pollutions accidentelles ou découlant de l'industrialisation, de l'urbanisation et de l'agriculture intensive.
L’intérêt paysager, mais aussi géomorphologique (la Cluse des Hôpitaux est considérée comme un site classique de la géomorphologie jurassienne), paléontologique (avec notamment le gisement de Nérinées de Virieu le Grand cité à l’inventaire des sites géologiques remarquables de la région Rhône-Alpes) et pédagogique (compte-tenu de la facilité d’accès) d’un tel ensemble méritent également d’être cités.
