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Le lac d’Annecy est installé dans une cluse correspondant à une zone fracturée, d’axe oblique aux plissements subalpins des Bauges et des Bornes qui l’encadrent majestueusement.
Profond d’une soixantaine de mètres seulement du fait d’un intense comblement sédimentaire, il est subdivisé en deux bassins séparés par le seuil du roc de Chère. Il ne représente plus qu’une petite partie d’un vaste plan d’eau post-glaciaire, étendu de Faverges à la Balme de Sillingy.
C’est un lac de type oligo-mésotrophe, aux eaux claires et de productivité moyenne ; ses eaux sont en principe soumises à un « basculement » annuel très favorable à l’oxygénation des eaux profondes.
Situé dans un bassin densément peuplé et menacé par l’eutrophisation, le lac d’Annecy a bénéficié d’un programme de sauvegarde exemplaire engagé dès les années 60, visant à collecter l’ensemble des eaux usées puis à les rejeter après traitement à l’aval du lac.
Celui-ci, avec ses affluents et ses annexes (reliques de zones humides périphériques autrefois très étendues, dont des « bas-marais » alcalins…) forme un complexe écologique remarquable.
Parmi les formations végétales, citons les herbiers immergés, sites de fraie pour le poisson, parmi lesquels des herbiers à characées. Les roselières aquatiques, favorables à la nidification des oiseaux, ont quant à elles malheureusement considérablement régressé.
La flore du lac et des zones humides périphériques comporte de nombreuses espèces remarquables (Laîche des bourbiers, Dactylorhize de traunsteiner, rossolis, Liparis de Loesel, Fritillaire pintade, Nivéole d’été, Choin ferrugineux, Spiranthes d’été…). A proximité, les versant rocailleux bien exposés accueillent une flore xérophile (adaptée à la sécheresse), avec quelques avant-postes d’espèces méridionales (Erable de Montpellier, fougère Capillaire, Aster amelle, Limodore à feuilles avortées, Tulipe de l’Ecluse…).
Le peuplement piscicole lacustre est très riche (avec des hôtes naturels tels que l’Omble chevalier, la « Féra », forme locale de Corégone, la Truite de lac ou la Lote).
Soumis à des épisodes de gel tout à fait exceptionnels, le lac accueille en hiver de nombreux oiseaux hivernants, dont des effectifs très importants de Mouettes rieuses et de Foulque macroule.
En dépit de la réduction des roselières, il permet également la nidification de plusieurs espèces intéressantes, dont le Harle bièvre.
Les zones humides périphériques conservent en outre un cortège remarquable de fauvettes aquatiques, de libellules –bien représentées-, des colonies de Castor d’Europe, de nombreux batraciens et reptiles (tritons, Couleuvre d’Esculape…).
Le Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux du Bassin Rhône-Méditerranée-Corse identifie à l’échelle du bassin le Lac d’Annecy parmi les milieux aquatiques remarquables au fonctionnement peu ou pas altérés.
Il souligne également :
- l’importance d’une préservation des liaisons physiques existant entre le bassin du Fier dont fait partie le lac et le fleuve Rhône, dans l’objectif d’un bon fonctionnement des milieux et la libre circulation des poissons,
- celle de la qualité des tributaires du lac dans le maintien des stocks de la Truite lacustre, forme géante migratrice, et de la lutte (comme sur les autres lacs alpins) contre les phénomènes d’eutrophisation,
- l’intérêt d’une politique de préservation (acquisitions foncières, gestion conservatoire…) des secteurs littoraux épargnés par l’intense pression foncière locale.
Le zonage de type II souligne les multiples interactions existant au sein de cet ensemble, dont les espaces les plus représentatifs en terme d’habitats ou d’espèces remarquables sont retranscrits à travers plusieurs zones de type I (marais, versants secs…).
Il met l’accent sur la sensibilité particulière du bassin versant alimentant le lac, en rapport avec la conservation d’espèces tributaires de la qualité du milieu.
Il traduit également particulièrement les fonctionnalités naturelles :
- celles de nature hydraulique (champ d’expansion naturelle des crues en ce qui concerne certaines zones humides, auto-épuration des eaux et protection de la ressource en eau),
- celles liées à la préservation des populations animales ou végétales, en tant que zone d’accueil et de stationnement, de dortoir (avifaune migratrice…), zone d’alimentation ou de reproduction pour de nombreuses espèces, dont celles précédemment citées ; l’importance du maintien des liaisons biologiques avec les cours d’eaux affluents (frayères à Truite de lac…) ainsi qu’avec le fleuve Rhône à l’aval, via le Thiou et le Fier mérite notamment d’être soulignée.
L’ensemble présente par ailleurs un grand intérêt paysager (il est cité comme exceptionnel dans l’inventaire régional des paysages) géomorphologique, hydrobiologique, et même archéologique (nombreuses traces d’établissements lacustres de l’âge du fer et du bronze).
