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Parmi les massifs subalpins, l’ensemble Bornes - Aravis fait suite à celui des Bauges vers le nord, au-delà de la trouée d'Annecy - Faverges – Ugine dans laquelle est logé le lac d'Annecy. Il se raccorde d’ailleurs assez bien aux Bauges du point de vue structural, et possède une série stratigraphique très comparable.
Les deux vallées qui convergent à Thônes correspondent à un vaste ensemble au relief mou, qui sépare les Bornes proprement dites du chaînon des Aravis : c’est la « dépression de Thônes », liée à la prédominance d’un substrat tendre de flyschs tertiaires.
Autour du Col de la Croix-Fry, le secteur décrit correspond au bassin versant d’un ensemble très intéressant de zones humides d’altitude, illustrant des types d’habitats naturels remarquables (tourbières de transition...).
Le cortège floristique comporte plusieurs espèces de grand intérêt (Laîches à fruits velus, des bourbiers et pauciflore, Scirpe de Hudson, plusieurs lycopodes et pyroles…).
Il en est de même de l’entomofaune (libellules, papillons Azuré de la sanguisorbe, Solitaire…).
Le zonage de type II souligne la sensibilité particulière de ce bassin en rapport avec la conservation d’espèces remarquables tributaires de la qualité du milieu ; les espaces les plus représentatifs en terme d’habitats ou d’espèces remarquables sont en outre retranscrit à travers plusieurs zones de type I (principaux ensembles de tourbières) au fonctionnement fortement interdépendant.
Il souligne également particulièrement les fonctionnalités naturelles :
- celles de nature hydraulique (champ d’expansion naturelle des crues, auto-épuration des eaux),
- celles liées à la préservation des populations animales ou végétales, en tant que zone d’alimentation ou de reproduction pour de nombreuses espèces, dont celles précédemment citées.
L’ensemble présente également un intérêt paysager.
