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Le lac du Bourget est le plus grand lac naturel de France.
Il s’inscrit dans un paysage montagneux qui appartient géologiquement au Jura, mais forme ici la charnière avec les massifs subalpins des Bauges et de la Chartreuse.
Bénéficiant d’un microclimat abrité, il constitue un vaste complexe écologique, environné de zones humides d'eaux courantes et stagnantes.
Il demeure (en dépit d’aménagements hydrauliques qui ont contribué à en modifier le fonctionnement) un ensemble exceptionnel sur le plan biologique.
Parmi les types d’habitats naturels remarquables représentés, ont peut citer les tapis immergés de characées des eaux mésotrophes, ici bien développés.
La flore compte des espèces de grand intérêt (Cornifle nageant, Gesse des marais, Liparis de Loesel, naïades, Renoncule langue, Samole de Valerand, Violette élevée…).
Il en est de même en ce qui concerne l’avifaune (Blongios nain, Gorgebleue à miroir, Harle bièvre, fauvettes paludicoles dont la Bouscarle de Cetti…) ; le lac joue en outre un rôle très important d’accueil pour l'avifaune hivernante.
L’entomofaune est également remarquable (libellules, papillons azurés…), de même que le peuplement d’amphibiens et de reptiles (Cistude d’Europe, Couleuvre d’Esculape, crapaud Sonneur à ventre jaune, Rainette verte…) ou de mammifères (Castor d’Europe, Cerf élaphe, Crossope aquatique et Crossope de Miller…).
Par ailleurs, la faune piscicole lacustre est très riche, avec des hôtes naturels tels que l’Omble chevalier, le « Lavaret », forme locale des corégones, ou la Truite de lac.
Le district naturel Rhône-Bourget se situe ainsi parmi les plus intéressants du point de vue biologique de la région Rhône-Alpes.
Le Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux du Bassin Rhône-Méditerranée-Corse identifie également le bassin le Lac du Bourget parmi les milieux aquatiques remarquables au fonctionnement altéré. Il souligne en particulier l’importance de la qualité des tributaires du lac dans le maintien des stocks de la Truite lacustre (forme géante migratrice), et de la lutte contre les phénomènes d’eutrophisation.
Le zonage de type II traduit les multiples interactions existant au sein de cet ensemble, dont les espaces les plus représentatifs en terme d’habitats ou d’espèces remarquables sont retranscrits à travers plusieurs zones de type I (zones humides périphériques, herbiers lacustres…).
Il souligne la sensibilité particulière du bassin versant alimentant le lac, en rapport avec la conservation d’espèces tributaires de la qualité du milieu.
Il traduit également particulièrement les fonctionnalités naturelles :
- celles de nature hydraulique (champ d’expansion naturelle des crues en ce qui concerne certaines zones humides, auto-épuration des eaux et protection de la ressource en eau),
- celles liées à la préservation des populations animales ou végétales, en tant que zone d’accueil et de stationnement, de dortoir (avifaune migratrice…), zone d’alimentation ou de reproduction pour de nombreuses espèces, dont celles précédemment citées ; l’importance du maintien des liaisons biologiques avec les cours d’eaux affluents (frayères à Truite de lac, zones humides reliques de la basse Leysse…) ainsi qu’avec le fleuve Rhône à l’aval, via le canal de Savières ou les zones humides voisines, mérite notamment d’être soulignée.
L’ensemble présente par ailleurs un grand intérêt paysager (il est cité comme exceptionnel dans l’inventaire régional des paysages), géomorphologique, hydrobiologique et climatique.
