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Cet ensemble naturel abrite dans ses falaises des espèces rares. L’Aigle de Bonelli et le Vautour percnoptère, nicheurs dans un passé récent dans et à proximité du site, sont encore régulièrement observés. Les nombreuses cavités de cette vallée karstique sont fréquentées par d’intéressantes populations de chiroptères (ou chauve-souris), principalement en hivernage, avec pas moins de treize espèces recensées à ce jour. Il s'agit de l'un des sites français majeurs en la matière, aussi bien en terme de diversité d'espèces que du nombre d'individus. Dans cette vallée se trouve ainsi le seul site d’hivernage connu en région Rhône-Alpes pour le Rhinolophe euryale, parmi une vingtaine seulement identifiés dans toute la France. Il est également en Ardèche l'un des rares sites abritant le Vespertilion de Capaccini, espèce méridionale parvenant ici en limite septentrionale de son aire de répartition géographique. Le Castor d’Europe présente ici la particularité de s’abriter dans les grottes durant le jour, quand l’étiage de la rivière le rend vulnérable.
