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L’aven de Sutrieu est un gîte idéal pour les chauves-souris, car abrité du vent et des fréquentations humaines. Ni chauves (car très poilues), ni souris (car possédant une dentition complète d’insectivore), les chauves-souris constituent l’un des groupes de vertébrés les plus remarquables. En effet, elles sont les seuls mammifères à avoir acquis la maîtrise du vol actif. Elles ont aussi la particularité de "voir avec les oreilles" : même si leurs yeux sont fonctionnels, ces animaux nocturnes utilisent un sonar. Les ultrasons sont produits par la bouche ou le nez de l’animal. Ensuite, grâce à ses oreilles, ce dernier capte l’écho du son qui a été réfléchi par les obstacles ou les proies. L'aven de Sutrieu abrite le Petit Rhinolophe en période d'hivernage. Espèce cavernicole pendant l'hiver, elle fréquente les greniers des maisons et les combles des églises à l'époque de la reproduction. Le Petit Rhinolophe est présent sur l'ensemble du territoire français. Autrefois très commun, ses effectifs ont fortement diminué ces dernières années. L'espèce est notée en hivernage dans l'ensemble du département de l'Ain à l'exception de la Bresse, du Val de Saône et de l'Est-lyonnais. Les chauves-souris sont quasiment toutes menacées sur le territoire français à cause des dérangements, de la disparition de leur gîtes et de l’utilisation massive de pesticides. Pourtant, la sauvegarde de ces animaux apparus il y a environ cinquante millions d’années devrait être une priorité.
