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La grotte de Hautecourt est un gîte idéal pour les chauves-souris, car abrité du vent et des fréquentations humaines. Ni chauves (car très poilues), ni souris (car possédant une dentition complète d’insectivore), les chauves-souris constituent l’un des groupes de vertébrés les plus remarquables. En effet, elles sont les seuls mammifères à avoir acquis la maîtrise du vol actif. Elles ont aussi la particularité de "voir avec les oreilles" : même si leurs yeux sont fonctionnels, ces animaux nocturnes utilisent un sonar. Les ultrasons sont produits par la bouche ou le nez de l’animal. Ensuite, grâce à ses oreilles, ce dernier capte l’écho du son qui a été réfléchi par les obstacles ou les proiesOn trouve deux espèces de chauves-souris dans la grotte de Hautecourt. Le Grand Rhinolophe est effectivement le plus grand des rhinolophes d’Europe. En hibernation, il s’enveloppe en général totalement dans ses ailes pour conserver sa chaleur. Espèce essentiellement cavernicole, le Grand Rhinolophe se rencontre aussi dans les caves des habitations et les greniers et combles d’églises. Son régime alimentaire se compose essentiellement de gros insectes : hannetons, criquets, papillons de nuit, qu’il dévore à des emplacements réguliers. Quant au Petit Rhinolophe, c’est comme son nom l'indique le plus petit rhinolophe européen. Au repos et en hibernation, il s’enveloppe complètement dans ses ailes pour conserver une certaine chaleur. Dans cette posture, sa petite taille lui confère alors l’aspect d’une grosse chrysalide de papillon. Espèce cavernicole au cours de l’hiver, il trouve dans les galeries de mines un fort degré d’hygrométrie et des températures pas trop froides (entre 6° et 9°C) nécessaires à son confort. On peut aussi le rencontrer dans les combles des églises et les greniers à l’époque de sa reproduction. Les chauves-souris sont quasiment toutes menacées sur le territoire français à cause des dérangements, de la disparition de leur gîtes et de l’utilisation massive de pesticides. Pourtant, la sauvegarde de ces animaux apparus il y a environ cinquante millions d’années devrait être une priorité.
