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Le tronçon identifié ici concerne le cours du Rhône et ses annexes fluviales; il est circonscrit à son lit majeur.
Il compte parmi ceux qui témoignent encore le mieux du visage du fleuve avant qu’il n’ait été profondément modifié par les aménagements hydrauliques.
« Lônes » (milieux humides annexes alimentés par le cours d’eau ou la nappe phréatique, correspondant souvent à d’anciens cours ou à d’anciens bras) et « brotteaux » couverts de riches forêts alluviales installés sur les basses terrasses se développent encore largement.
Cette partie du fleuve s’inscrivait auparavant dans l’espace fréquenté par les diverses espèces de poisson migrateur du Rhône, et cet axe demeure toujours de grande importance pour la migration des oiseaux.
Le secteur des îles du Haut-Rhône est d’ailleurs cité à l’inventaires des Zones Importantes pour la Conservation des Oiseaux (ZICO).
Les secteurs présentant le cortège le plus riche en terme d’habitats naturels et d’espèces de faune ou de flore remarquables sont identifiés ici par une forte proportion de ZNIEFF de type I.
Le zonage de type II traduit quant à lui l’importance des liens fonctionnels existant (notamment en matière hydraulique) entre celles-ci.
De plus, il illustre particulièrement les fonctionnalités naturelles liées :
- au régime hydraulique (avec un rôle naturel de champ d’expansion des crues),
- à la préservation des populations animales ou végétales.
Le cours du Rhône demeure notamment un corridor écologique remarquable. Ainsi, le Schéma Directeur d’Aménagement et de gestion des Eaux du bassin Rhône-Méditerranée-Corse (SDAGE) fixe des objectifs ambitieux de restauration biologique du fleuve, tant sur plan de la qualité physique que chimique. Il préconise en particulier le rétablissement des possibilités de migration des poissons, qu’ils soient amphihalins (Alose feinte du Rhône, Lamproies marine et fluviatile, Anguilles...), ou strictement d’eau douce. Il évoque notamment à ce propos l’objectif guide du « plan migrateur », qui consiste à parvenir à la restauration des frayères historiques de l’Alose (région de Belley) sur le Haut Rhône.
le Rhône joue également le rôle de zone de stationnement et de dortoir (avifaune migratrice), de zone d’alimentation ou liée à la reproduction des espèces (ardéidés, Brochet, Ombre commun, Loche d’étang, Lote de rivière, crapaud Sonneur à ventre jaune, Castor d’Europe, probablement Cistude d’Europe, voire Loutre...). Le secteur est un « vivier » remarquable pour des libellules tels que l’Agrion de Mercure.
Enfin, l’intérêt paysager des lieux mérite d’être souligné (l’ensemble formé par les îles du Haut-Rhône est cité comme exceptionnel dans l’inventaire régional des paysages), de même que l’intérêt géomorphologique (illustration de la dynamique fluviale).
