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Le Gerbier de Jonc correspond à un pic phonolitique, la phonolite étant une roche volcanique fréquente dans la région géologique du Velay oriental. Issue d'une lave compacte, elle se délite en plaques formant des "lauzes" notamment utilisées pour recouvrir les toits. On trouve, sur ce type de roche, des stations floristiques saxicoles (recherchant les zone rocailleuses), parfois mises en péril par la fréquentation touristique importante du secteur (environ 500 000 personnes empruntent les sentiers locaux chaque année). Plus au sud, l'ensemble des "chevelus", "narces" et mares des sources de la Loire forme un espace naturel fragile à fort intérêt paysager, floristique et faunistique. Des espèces végétales endémiques (c'est à dire dont l'aire de répartition est limitée à une zone géographique restreinte) propres au Massif Central se trouvent sur ce site : c'est le cas notamment de l'Arabette des Cévennes et de la Lunetière d'Auvergne.
