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Le massif du Bas-Bugey est une région d’une très grande richesse biologique. A l'écart des principales voies de communication, il reste bien préservé. Mais c'est sa physionomie qui présente le plus d'intérêt. De la plaine du Rhône au sommet du massif (Molard Dedon, 1219 m), le dénivelé est de près de 1000 m. Les conditions climatiques rencontrées sur l'ensemble du massif sont particulièrement variées et permettent une grande diversité botanique. Les milieux rencontrés sont aussi divers que tourbières, lacs, forêts montagnardes, pelouses sèches, pâturages, falaises... Le marais du Brayre appartient aux tourbières dites alcalines. Elles se développent sur des sols riches en calcaire. La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les hypnacées. Les tourbières alcalines sont fortement présentes dans les vallées alluviales et les Préalpes calcaires où l'influence des glaciers jurassiens et alpiens a été importante. Elles représentent 55% de la surface des tourbières de la région. Les milieux de tourbières alcalines sont en général très variés. Il est dominé par une cariçaie (formation végétale dominée par les laîches à Laîche élevée. Autour s'observe une bande plus ou moins large de Saule cendré. Des zones d'eau libre sont également présentes. La cladiaie (formation végétale dominée par le marisque) se développe localement. La diversité floristique du marais est relativement importante. Plusieurs espèces remarquables y croissent. Citons par exemple le Séneçon des marais ou encore la Fougère des marais. La faune remarquable est représentée par la Cordulie à taches jaunes.
