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Le massif du Bas-Bugey est une région d’une très grande richesse biologique. A l'écart des principales voies de communication, il reste bien préservé. Mais c'est sa physionomie qui présente le plus d'intérêt. De la plaine du Rhône au sommet du massif (Molard Dedon, 1219 m), le dénivelé est de près de 1000 m. Les conditions climatiques rencontrées sur l'ensemble du massif sont particulièrement variées et permettent une grande diversité botanique. Les milieux rencontrés sont aussi divers que tourbières, lacs, forêts montagnardes, pelouses sèches, pâturages, falaises... Le marais de Brognin appartient aux tourbières dites alcalines. Elles se développent sur des sols riches en calcaire. La tourbe qui s'y accumule est formée de nombreuses laîches mais aussi de mousses particulières : les hypnacées. Les tourbières alcalines sont fortement présentes dans les vallées alluviales et les Préalpes calcaires où l'influence des glaciers jurassiens et alpiens a été importante. Elles représentent 55% de la surface des tourbières de la région. Ce vaste marais est dominé par des communautés à hautes herbes et des boisements marécageux (saulaies, aulnaies). Plusieurs espèces végétales remarquables s'y développent. De belles stations d'Ecuelle d'eau et de Peucédan des marais sont visibles. Citons également la Gratiole officinale et l'Orchis des marais. La gratiole, en particulier, est facilement identifiable, dans les prairies humides, à ses fleurs latérales roses pales et ses feuilles opposées étroitement lancéolées. La faune présente aussi un certain intérêt. Les libellules, en particulier, sont bien représentés avec des demoiselles telles que l'Agrion à pattes larges.
