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Le massif du Bas-Bugey est une région d’une très grande richesse biologique. A l'écart des principales voies de communication, il reste bien préservé. Mais c'est sa physionomie qui présente le plus d'intérêt. De la plaine du Rhône au sommet du massif (Molard Dedon, 1219 m), le dénivelé est de près de 1000 m. Les conditions climatiques rencontrées sur l'ensemble du massif sont particulièrement variées et permettent une grande diversité botanique. Les milieux rencontrés sont aussi divers que tourbières, lacs, forêts montagnardes, pelouses sèches, pâturages, falaises... Le lac marécageux de Chavoley se situe à l'est du massif. Le site est assez fréquenté et le piétinement autour du lac est localement important. Les petites zones marécageuses au nord et à l'est du lac correspondent à un bas-marais alcalin, abritant une flore très intéressante. Une bonne partie de ces zones est envahie par une cladiaie (formation végétale dominée par le marisque) et des bois d'aulnes, mais le contact entre ces différents milieux est très intéressant. L'ensemble retenu : tourbière, prairies et lac, présente un réel intérêt botanique. De nombreuses espèces appartenant à la flore aquatique ou palustre sont ici présentes. Citons par exemple le Nénuphar blanc, la Châtaigne d'eau ou encore le Séneçon des marais. Le Martin-pêcheur d'Europe trouve ici un milieu favorable à sa nidification, et pêche sur les lacs du site et certainement des environs (Songieu...).
