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La végétation du marais alcalin des granges Molliat est dominée par les herbes de la famille des laîches, de petites mousses brunes et de nombreuses espèces à fleurs colorées. Elle se développe sur des sols gorgés d’eau calcaire, pauvre en nutriments et généralement peu oxygénée. Il s'agit de types d'habitats naturels très riches mais de plus en plus résiduels, du fait des atteintes qui leur sont portées (abandon de la fauche, drainage, amendements…). Plante grêle de la famille de la Bourrache, le Cynoglosse d’Allemagne est une espèce rare qui se développe généralement dans la mi-ombre des forêts fraîches montagnardes ; on en trouve une station à proximité du marais.
