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Les combles de l’église de Monestier-d’Ambel constituent un abri de prédilection pour les chauves-souris. Ces dernières sont les seuls mammifères à avoir acquis la maîtrise du vol actif. Elles ont aussi la particularité de "voir avec les oreilles" : même si leurs yeux sont fonctionnels, ces animaux nocturnes utilisent un sonar. Les ultrasons sont produits par la bouche ou le nez de l’animal. Ensuite, grâce à ses oreilles, ce dernier capte l’écho du son qui a été réfléchi par les obstacles ou les proies. Trois espèces de chauves-souris se sont installées ici. La Pipistrelle commune est la plus petite chauve-souris d’Europe. Elle est présente dans les villes et villages, les parcs et jardins et fréquente toutes sortes d’abris, été comme hiver, situés dans des crevasses de murs, sous des lambris, derrière les volets ou dans des arbres creuxPesant moins de sept grammes, le Vespertilion à moustache est l’un des plus petits mammifères d'Europe. L’Oreillard septentrional, encore appelé Oreillard roux, est peu distinct de l’Oreillard gris. Les deux espèces sont pourvues d'oreilles bien caractéristiques, d'où leur nom. Le site présente un intérêt tout particulier pour cette espèce.
