La ZNIEFF « Rivière de la Jonte entre la Bragouse et Meyrueis » se trouve au sud-ouest de la Lozère, dans le Parc National des Cévennes. D'une superficie de près de 14 hectares, elle est constituée par un tronçon de la Jonte au sud du Causse Méjean. Sur un linéaire d'environ 5,5 kilomètres, la rivière traverse les communes de Gatuzières et de Meyrueis. L'altitude varie entre 700 et 770 mètres.
La ZNIEFF est délimitée en amont par le pont au niveau de la Bragouse et en aval par le premier pont franchissant la Jonte à Meyrueis. De part et d'autre du cours d'eau, le périmètre englobe les zones humides riveraines (ripisylve et quelques prairies).