Le Cap Cerbère se situe à l'extrémité sud de la côte Vermeille, à la frontière avec l'Espagne. Cette avancée rocheuse orientée nord et est occupe une superficie de 30 hectares au sud de la commune de Cerbère.
A l'aspect général fortement découpé, elle est formée de schistes et prolongée par de nombreux écueils et îlots sous-marins. La ZNIEFF présente un dénivelé maximal de 200 m au col de Les Freses et est composée d'un maquis méditerranéen dense. Au niveau du Cap, le replat sommital d'une hauteur moyenne de 60 m est recouvert d'une pelouse aride. Le paysage de la ZNIEFF se prolonge de part et d'autre par trois plages : la plage del Sorell et del Cano au nord, la plage du Minerai au sud.
Elle se situe au sein d'un territoire très peu artificialisé, mais plusieurs voies de communication la longe et la gare internationale se situe à 500 mètres au nord. En outre, la ZNIEFF subit une forte fréquentation touristique estivale : sentiers, parkings et cabanisation font aussi parti du paysage.
La zone considérée réunit une partie du Col de Les Freses, le replat sommital du cap, ainsi que les falaises et les plages, depuis la plage del Sorell jusqu'à la frontière.
La mer Méditerranée marque la limite sur la façade maritime. Sur le replat, le périmètre est matérialisé par la roue nationale N 114, par la transition avec l'urbanisation et par une ligne de crête au col de les Freses.