La ZNIEFF « Vallée de Prats-Balaguer « se situe dans le Haut Conflent, sur la commune de Fontpédrouse. D'une superficie de 2 414 hectares, cette vallée, orientée sud-nord, correspond au bassin versant du torrent de la Riberole. Dans sa partie aval, elle présente une portion étroite à l'image d'une gorge. Elle s'élargit dans sa partie amont pour former une vallée montagnarde avant de rejoindre la crête et la frontière franco-espagnole au sud.
Différents milieux de moyenne et haute montagne s'étagent de 1150 à 2861 mètres (pic de Nou Fonts). Ils abritent un grand nombre de plantes rares, et une faune de montagne caractéristique des Pyrénées.
La zone s'étend tout au long de la vallée de Prats-Balaguer sur un axe nord/sud. La limite ouest, est et sud est soulignée par la ligne de crête. Elle culmine à plus de 2500 mètres en suivant les différents sommets qui s'échelonnent sur cette limite naturelle : pic d'Eina (2 786mètres), pic de la Fossa del Gegant (2 799 mètres), Pic Redoun (2 677 mètres), Pic de l'Orry (2 561 mètres), Tour d'Eyne (2 831 mètres), pic de Nou Fonts (2 861 mètres).
La limite nord est marquée par la vallée de la Têt. Elle s'appuie sur les lignes de crête descendant dans la vallée, ainsi que des sentiers et des pistes en excluant les hameaux de Prats-Balaguer et de St-Thomas.