La ZNIEFF « Gorges d'Aymes et de la Cesse » est située aux confins des départements de l'Aude et de l'Hérault. Elle est à l'interface entre la plaine au sud et les massifs montagneux du Haut-Languedoc au nord. Elle est constituée pour l'essentiel par la vallée du ruisseau d'Aymes, sur près de 6,5 kilomètres de son cours, mais englobe également la vallée de son affluent le ruisseau d'Embut, ainsi qu'une petite portion de la vallée de la Cesse à l'aval de leur confluence. L'ensemble occupe une superficie de 822 hectares, au nord de Bize-Minervois. L'altitude varie entre 65 et 275 mètres.
La ZNIEFF est traversée par deux routes départementales et les fonds de vallées sont cultivés, mais en dehors d'un ou deux mas, aucune zone habitée n'est implantée sur le périmètre.
La délimitation de la ZNIEFF s'appuie :
- à l'ouest, sur des lignes de crête et de rupture de pente entre Montredon et Tour de Boussecos ;
- au sud, sur la vallée du ruisseau de Prats Long, des limites des parcelles cultivées et la route D67 ;
- à l'est, sur des chemins et des limites des parcelles cultivées à Montplo le Haut ;
- au nord, sur les lignes de crêtes, des rupture de pente, des courbes de niveaux, des routes et des chemins, de manière à englober l'amont des vallées d'Aymes et d'Embut jusqu'à leur confluence.