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La ZNIEFF « Gorges de Pierre-Lys « se situe dans la Haute Vallée de l'Aude, entre le bassin de Quillan et le village d'Axat. Elle occupe une surface de près de 970 hectares. Son altitude varie de 280 mètres dans sa partie nord jusqu'à 1040 mètres dans sa partie est.
Ce sont des gorges étroites avec notamment au lieu-dit du «défilé de la Pierre-Lys« une brèche de plus de 700 mètres de haut sur 1500 mètres de long, ouverte dans du calcaire et au fond de laquelle gronde l'Aude. Pour livrer passage à la route qui joint Quillan à Axat et qui traverse ce site, on a dû tantôt entailler la roche en encorbellement, tantôt empiéter sur le lit de la rivière. Le Rébenty vient se jeter dans l'Aude en amont de cette zone.
Depuis les berges de l'Aude jusqu'au sommet des crêtes, les milieux rupestres (amas rocheux, grottes, falaises, éboulis) côtoient des boisements lâches de Hêtres surtout dans la moitié nord. Dans la moitié sud, des taillis de Chêne pubescent et quelques Pins sylvestres s'ajoutent aux Hêtres. Au sud-est, apparaissent des taillis de Chênes verts.
Cette zone est classée à l'inventaire des sites (arrêté du 12/12/1946).
La délimitation du site est basée sur des critères géomorphologiques, écologiques et paysagers. La limite suit les lignes de crête au nord, à l'ouest et à l'est. - au nord, elle englobe le Trou du Curé et continue jusqu'au col de Saint Martin ; - à l'ouest, elle exclut le Couillet de la Gourgo ; - à l'est, elle va jusqu'au Soula d'Aliès ; - au sud, elle suit le tracé de la route D118 puis la limite entre les communes de Saint-Martin-Lys et Axat, en excluant les constructions du Pont d'Aliès.
L'usine de dolomie de Saint-Martin-Lys ne fait pas partie du site.
