La ZNIEFF « Haute vallée de la Jonte » est située au sud de la Lozère, sur le versant nord du Mont Aigoual, dans le Parc National des Cévennes. C'est une vaste vallée comptant de nombreux vallons et ruisseaux affluents de la Jonte et qui s'étend depuis les pelouses sommitales du Mont Aigoual jusqu'au pied du Causse Méjean en amont de Gatuzières. Elle est principalement forestière et occupe une superficie d'environ 870 hectares. L'altitude varie de 830 à 1500 mètres.
La ZNIEFF est délimitée de la manière suivante :
- au sud, au sommet de la vallée, par la limite entre la forêt et les pelouses sommitales de l'Aigoual ;
- à l'est, en rive droite,, par la ligne de crête entre les pelouses de l'Aigoual et le hameau de Cabrillac, et vers le nord par la route D18 et une piste forestière ;
- au sud-ouest, en rive gauche, par une ligne de crête ;
- au nord, dans les parties basses à l'aval de la vallée, par la route D19 et une piste forestière.