La ZNIEFF « Bois d'en Bas et bois de Borreil » est située dans l'ouest du département de l'Aude, à l'ouest de la ville de Limoux. Située à la limite départementale avec l'Ariège, elle englobe un ensemble de collines et de vallons boisés de part et d'autre de la vallée de l'Ambrone. Le territoire défini occupe une superficie d'environ 2980 hectares pour une altitude variant de 350 à 580 mètres.
Le périmètre de la ZNIEFF est matérialisé par une alternance de voies de communications (routes, pistes et chemins), de limites de parcelles et de thalwegs
Les hameaux sont, autant que possible exclus du périmètre.